PDB-3tqz: Structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqz

タイトル

Structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dut) from Coxiella burnetii

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Purines / pyrimidines / nucleosides / nucleotides

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqz.cif.gz	73.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqz.ent.gz	54.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 1dudS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hrm-1 6mao-1 2xx6-2 3keo-d 2q1m-1 6mai-1 5rb1-1 5cmo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.065, 85.065, 54.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16595.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_0293, dut / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45920, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 45.69 / 数: 171182 / R_merge(I) obs: 0.035 / Χ²: 0.87 / D res high: 1.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 23951 / % possible obs: 95.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.61	30	95	1	0.027	1.237	10.1
3.66	4.61	99.8	1	0.028	1.202	10.8
3.2	3.66	100	1	0.027	0.914	10.9
2.91	3.2	100	1	0.028	0.737	10.8
2.7	2.91	100	1	0.033	0.671	10.8
2.54	2.7	100	1	0.043	0.682	10.8
2.41	2.54	100	1	0.054	0.761	10.5
2.31	2.41	100	1	0.065	0.855	9
2.22	2.31	100	1	0.076	0.958	8.2
2.14	2.22	100	1	0.087	0.942	7.8
2.07	2.14	100	1	0.1	0.967	7.1
2.02	2.07	100	1	0.114	1.016	6.3
1.96	2.02	100	1	0.128	0.915	5.6
1.91	1.96	100	1	0.157	0.774	5
1.87	1.91	100	1	0.154	0.553	4.3
1.83	1.87	100	1	0.183	0.515	3
1.79	1.83	97.3	1	0.228	0.506	2.4
1.76	1.79	87.7	1	0.242	0.487	1.9
1.73	1.76	75.6	1	0.306	0.526	1.7
1.7	1.73	60	1	0.373	0.524	1.5

反射

解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 25001 / Num. obs: 23951 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Χ²: 0.872 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	1.5	0.373	742	0.524	1	60
1.73-1.76	1.7	0.306	939	0.526	1	75.6
1.76-1.79	1.9	0.242	1093	0.487	1	87.7
1.79-1.83	2.4	0.228	1211	0.506	1	97.3
1.83-1.87	3	0.183	1247	0.515	1	100
1.87-1.91	4.3	0.154	1242	0.553	1	100
1.91-1.96	5	0.157	1233	0.774	1	100
1.96-2.02	5.6	0.128	1256	0.915	1	100
2.02-2.07	6.3	0.114	1239	1.016	1	100
2.07-2.14	7.1	0.1	1240	0.967	1	100
2.14-2.22	7.8	0.087	1231	0.942	1	100
2.22-2.31	8.2	0.076	1257	0.958	1	100
2.31-2.41	9	0.065	1247	0.855	1	100
2.41-2.54	10.5	0.054	1244	0.761	1	100
2.54-2.7	10.8	0.043	1248	0.682	1	100
2.7-2.91	10.8	0.033	1265	0.671	1	100
2.91-3.2	10.8	0.028	1251	0.737	1	100
3.2-3.66	10.9	0.027	1263	0.914	1	100
3.66-4.61	10.8	0.028	1269	1.202	1	99.8
4.61-30	10.1	0.027	1234	1.237	1	95

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUD

1dud

解像度: 1.75→19.523 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8988 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1861	1165	5.17 %	RANDOM
R_work	0.1752	-	-	-
all	0.1758	24053	-	-
obs	0.1758	22549	98.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.326 Å² / k_sol: 0.387 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.63 Å² / B_iso mean: 29.194 Å² / B_iso min: 8.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0742 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0742 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1047	0	15	139	1201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	1131
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.871	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.157	182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.687	416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.8296	0.3339	132	0.2905	2431	2563	91
1.8296-1.926	0.2148	152	0.1968	2690	2842	100
1.926-2.0465	0.1972	146	0.1581	2699	2845	100
2.0465-2.2044	0.17	154	0.1612	2704	2858	100
2.2044-2.4258	0.1837	135	0.1589	2695	2830	100
2.4258-2.776	0.1866	149	0.1749	2718	2867	100
2.776-3.4942	0.1791	144	0.1657	2725	2869	100
3.4942-19.5238	0.1754	153	0.179	2722	2875	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3577	-0.3231	1.0459	5.255	1.4602	2.407	-0.1415	-0.0345	0.1006	-0.1777	0.3356	-0.1404	-0.1835	-0.1759	-0.1546	0.1734	0.0705	-0.0453	0.312	0.0427	0.189	23.0403	32.7294	14.0005
2	4.8006	0.5716	-2.0248	0.8266	0.3232	2.196	0.099	0.4048	0.8975	0.0978	0.1191	-0.1827	-0.2966	-0.412	-0.2247	0.2001	0.0427	0.0185	0.2182	0.0566	0.2945	32.3687	36.9363	16.099
3	1.5711	-1.1629	0.0393	1.9694	0.0151	2.7299	-0.1083	-0.5946	-0.0435	0.3356	0.2807	0.229	-0.0008	-0.6667	-0.0606	0.1851	0.0861	0.0485	0.2904	0.0243	0.1638	26.1731	31.9359	35.822
4	3.0774	-0.32	0.1884	0.8556	-0.3728	1.9527	0.0103	0.0485	0.0584	-0.0858	0.0401	0.1108	-0.0151	-0.1262	-0.0435	0.1499	0.0099	-0.003	0.1418	0.0191	0.1721	32.7878	27.2604	22.0918
5	6.5142	-4.341	-4.8564	5.2917	3.3247	5.6714	-0.2073	-0.1006	-1.076	-0.1928	-0.1789	0.4736	0.1347	-0.0632	0.3392	0.2155	-0.0315	-0.0188	0.1923	-0.0031	0.3505	25.7578	19.0301	15.8202
6	2.4034	-1.946	-1.1518	3.1777	-0.1347	2.1876	-0.0833	-0.2469	0.1657	0.2306	0.2003	-0.0884	-0.1727	-0.2231	-0.0823	0.1502	0.0557	0.0152	0.1946	-0.0213	0.1551	31.8693	32.4229	33.7543
7	4.6038	-3.4338	-4.7876	4.4841	4.9568	6.0593	0.1972	-0.2143	-0.0109	-0.3481	0.2028	-0.0387	-0.6695	0.3609	-0.263	0.1598	0.0138	0.0159	0.1904	0.0298	0.162	34.31	30.682	17.5659
8	5.3443	-3.6281	0.2486	6.3207	-0.8008	2.9048	0.0475	0.274	-0.32	-0.6377	0.1951	-0.5392	0.4584	0.2765	-0.0616	0.292	0.0419	0.0278	0.1934	-0.1225	0.2691	49.914	6.4611	8.182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:24)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:34)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 35:47)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 48:89)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 90:97)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 98:115)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 116:124)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 125:138)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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