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Yorodumi- PDB-6mai: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mai | ||||||
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Title | Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 | ||||||
Components | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 Authors: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mai.cif.gz | 76 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mai.ent.gz | 54.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mai | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1euwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17391.789 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: dut, lpg2487 / Plasmid: LepnA.01206.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5ZSN0, dUTP diphosphatase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Microlytic MCSG1 screen, condition A1: 20% PEG 8000, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5: LepnA.01206.a.B1.PS38438 at 24.33mg/ml: cryo: 20% EG in two steps: tray 301633a1, puck PXP9-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Aug 21, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→42.325 Å / Num. obs: 20693 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 7.736 % / Biso Wilson estimate: 29.774 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 31.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1euw Resolution: 1.8→42.325 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.66 Å2 / Biso mean: 28.2452 Å2 / Biso min: 10.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→42.325 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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