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- PDB-3k21: Crystal Structure of carboxy-terminus of PFC0420w. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k21
タイトルCrystal Structure of carboxy-terminus of PFC0420w.
要素Calcium-dependent protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / calcium kinase structural genomics malaria / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Developmental protein / Differentiation / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / cell differentiation / calmodulin binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / calcium ion binding ...MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / cell differentiation / calmodulin binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Calcium-dependent protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Artz, J.D. / Mackenzie, F. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Artz, J.D. / Mackenzie, F. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structures of parasitic CDPK domains point to a common mechanism of activation.
著者: Wernimont, A.K. / Amani, M. / Qiu, W. / Pizarro, J.C. / Artz, J.D. / Lin, Y.H. / Lew, J. / Hutchinson, A. / Hui, R.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6618
ポリマ－22,1771
非ポリマー4847
水4,197233
1
A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子

A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,32216
ポリマ－44,3542
非ポリマー96714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.469, 50.469, 108.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-196-

PEG

21A-230-

HOH

31A-263-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase 3 / PfCDPK3


分子量: 22177.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: CDPK3, CPK3, MAL3P3.17, PFC0420w / プラスミド: PEt15MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21
参照: UniProt: Q9NJU9, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 240分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 22 % PEG 3350, 0.1 M NaAcet pH 4.2, 10 mM CaCl2, 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→20 Å / Num. all: 57907 / Num. obs: 56865 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.086 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique all: 2193 / Rsym value: 0.498 / Χ2: 1.032 / % possible all: 77.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CLS_CMCF-1データ収集
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→16.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.171 / WRfactor Rwork: 0.137 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9 / SU B: 1.196 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.041 / SU Rfree: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY LEU91 IN MODEL DOES NOT CORRESPOND WELL TO DENSITY - CONSTRUCT WAS SEQUENCED TWICE TO SHOW THAT LEU CODE REMAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 2876 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.152 57753 --
obs0.152 56691 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 187.15 Å2 / Biso mean: 16.38 Å2 / Biso min: 4.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→16.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1442 0 27 233 1702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4041.9882437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2933139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9635248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43425.39389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27315373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.855159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6371.51051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9671.5423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.79121730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7733735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0384.5686
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.51933049
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 171 -
Rwork0.351 3205 -
all-3376 -
obs-2193 80.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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