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- PDB-4fi9: Structure of human SUN-KASH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fi9
タイトルStructure of human SUN-KASH complex
要素
  • Nesprin-2
  • SUN domain-containing protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / LINC complex / Transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / regulation of cilium assembly / intermediate filament cytoskeleton / nuclear outer membrane / nuclear lumen / filopodium membrane / centrosome localization ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / regulation of cilium assembly / intermediate filament cytoskeleton / nuclear outer membrane / nuclear lumen / filopodium membrane / centrosome localization / nuclear migration / lamellipodium membrane / sarcoplasmic reticulum membrane / Meiotic synapsis / sarcoplasmic reticulum / Z disc / fibrillar center / nuclear envelope / actin binding / nuclear membrane / cilium / positive regulation of cell migration / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. ...KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Galactose-binding domain-like / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nesprin-2 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wang, W.J. / Shi, Z.B.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into SUN-KASH complexes across the nuclear envelope.
著者: Wang, W. / Shi, Z. / Jiao, S. / Chen, C. / Wang, H. / Liu, G. / Wang, Q. / Zhao, Y. / Greene, M.I. / Zhou, Z.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5812
ポリマ－23,5812
非ポリマー00
水362
1
A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2

A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2

A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7426
ポリマ－70,7426
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.835, 79.835, 280.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2


分子量: 21925.600 Da / 分子数: 1 / 断片: SUN domain (unp residues 523-717) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: タンパク質・ペプチド Nesprin-2 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and actin connecting element protein / Protein ...Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and actin connecting element protein / Protein NUANCE / Synaptic nuclear envelope protein 2 / Syne-2


分子量: 1654.905 Da / 分子数: 1 / 断片: KASH domain (unp residues 6872-6883) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WXH0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES, 6% PEG5000 mme, 19.5 mM HECAMEG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 6908 / Num. obs: 6763 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 325 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 48.825 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 30.103 / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31031 322 4.8 %RANDOM
Rwork0.24051 ---
obs0.24381 6421 97.55 %-
all-6582 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.47 Å2-2.23 Å20 Å2
2---4.47 Å20 Å2
3---6.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 0 0 2 1605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9382268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7815207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18623.05672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.09115223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.245159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.51047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80321688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0763607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9284.5580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.048→3.127 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 21 -
Rwork0.283 470 -
obs-470 98.59 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.8124 Å / Origin y: -30.5801 Å / Origin z: -14.02 Å
111213212223313233
T0.1826 Å20.0763 Å2-0.0124 Å2-0.0161 Å20.0148 Å2--0.145 Å2
L2.7454 °2-0.0366 °20.601 °2-3.0235 °2-1.109 °2--3.8398 °2
S-0.0453 Å °0.4489 Å °0.274 Å °-0.2742 Å °0.0577 Å °0.0951 Å °-0.5532 Å °-0.1881 Å °-0.0124 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A523 - 717
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 802

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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