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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wmd | ||||||
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Title | Human Sun2-KASH4 complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / LINC Complex | ||||||
Function / homology | ![]() nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / nuclear outer membrane / nuclear migration / nuclear inner membrane ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / nuclear outer membrane / nuclear migration / nuclear inner membrane / centrosome localization / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / nuclear envelope / microtubule binding / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / endosome membrane / positive regulation of cell migration / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cruz, V.E. / Schwartz, T.U. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Analysis of Different LINC Complexes Reveals Distinct Binding Modes. Authors: Cruz, V.E. / Esra Demircioglu, F. / Schwartz, T.U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 85.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wmeC ![]() 6wmfC ![]() 6wmgC ![]() 4dxtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 22395.053 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 3369.853 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 17% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M BisTris/HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→69.94 Å / Num. obs: 54661 / % possible obs: 99.85 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 55.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 3726 / CC1/2: 0.835 / % possible all: 98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4DXT Resolution: 1.5→69.94 Å / SU ML: 0.1289 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.6251
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→69.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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