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万見
- PDB-5yfd: Crystal structure of a new DPP III family member -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yfd
タイトルCrystal structure of a new DPP III family member
要素Dipeptidyl peptidase 3
キーワードHYDROLASE / dipeptidyl peptidase III / aflatoxin-oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase III / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl-peptidase 3 / Peptidase family M49 / Peptidase family M49
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Dipeptidyl peptidase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Armillaria tabescens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Xu, T. / Liu, J.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of Aflatoxin-oxidase from Armillariella tabescens reveal a dual activity enzyme.
著者: Xu, T. / Xie, C. / Yao, D. / Zhou, C.Z. / Liu, J.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 3
B: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,47614
ポリマ－156,3622
非ポリマー1,11412
水14,520806
1
A: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7257
ポリマ－78,1811
非ポリマー5446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
2
B: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7517
ポリマ－78,1811
非ポリマー5706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.460, 207.140, 58.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 3 / Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl peptidase III


分子量: 78181.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Armillaria tabescens (菌類) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0S4Q0, dipeptidyl-peptidase III
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % / Mosaicity: 0.4 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.5 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→69.05 Å / Num. obs: 126351 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 23.6 / Num. measured all: 695574 / Scaling rejects: 4566
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.76-1.795.40.09763100.9770.0460.10893.1
9.66-69.054.80.0347630.9960.0180.03988.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.76→58.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 2.187 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 6274 5 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.1819 119996 92.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.62 Å2 / Biso mean: 10.284 Å2 / Biso min: 2.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å20.16 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→58.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10800 0 55 806 11661
Biso mean--31.49 12.7 -
残基数----1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01911163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.96615175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1324198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01651410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46524.91499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.407151922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0061549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.21719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022201
LS精密化 シェル解像度: 1.764→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 426 -
Rwork0.163 8951 -
all-9377 -
obs--92.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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