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万見
- PDB-3unp: Structure of human SUN2 SUN domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3unp
タイトルStructure of human SUN2 SUN domain
要素SUN domain-containing protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / trimer / nuclear envelope / SUN domain / KASH domain / LINC complex / nuclear migration
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Sad1 / UNC-like C-terminal / Galactose-binding domain-like / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Zhou, Z.C. / Greene, M.I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of Sad1-UNC84 homology (SUN) domain defines features of molecular bridge in nuclear envelope
著者: Zhou, Z.C. / Du, X. / Cai, Z. / Song, X. / Zhang, H. / Mizuno, T. / Suzuki, E. / Yee, M.R. / Berezov, A. / Murali, R. / Wu, S.-L. / Karger, B.L. / Greene, M.I. / Wang, Q.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9302
ポリマ－22,8861
非ポリマー441
水1,06359
1
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7896
ポリマ－68,6573
非ポリマー1323
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.918, 78.918, 197.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2


分子量: 22885.674 Da / 分子数: 1 / 断片: SUN domain, residues 520-717 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M imidazole, 1.0M sodium acetate, 10 mM YCl3, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 11047 / Num. obs: 11047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.39→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 8.048 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 967 10.3 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
all0.22331 8685 --
obs0.22331 8425 96.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1479 0 3 59 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0221524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6681.932080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.4535191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94223.33369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.39315215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.483159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2240.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3020.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5180.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3320.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8261.5981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76121546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4743614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9554.5534
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.454 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 56 -
Rwork0.26 531 -
obs--84.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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