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- PDB-1u8t: Crystal structure of CheY D13K Y106W alone and in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u8t
タイトルCrystal structure of CheY D13K Y106W alone and in complex with a FliM peptide
要素
  • Chemotaxis protein cheY
  • Flagellar motor switch protein fliM
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHEY / FLIM / (beta/alpha)5
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / thermotaxis / regulation of chemotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / thermotaxis / regulation of chemotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / positive chemotaxis / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / cytoskeletal motor activity / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Flagellar motor switch protein FliM / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dyer, C.M. / Quillin, M.L. / Campos, A. / Lu, J. / McEvoy, M.M. / Hausrath, A.C. / Westbrook, E.M. / Matsumura, P. / Matthews, B.W. / Dahlquist, F.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Constitutively Active Double Mutant CheY(D13K Y106W) Alone and in Complex with a FliM Peptide
著者: Dyer, C.M. / Quillin, M.L. / Campos, A. / Lu, J. / McEvoy, M.M. / Hausrath, A.C. / Westbrook, E.M. / Matsumura, P. / Matthews, B.W. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録2004年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY
B: Chemotaxis protein cheY
C: Chemotaxis protein cheY
D: Chemotaxis protein cheY
E: Flagellar motor switch protein fliM
F: Flagellar motor switch protein fliM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,96310
ポリマ－60,5786
非ポリマー3844
水10,233568
1
A: Chemotaxis protein cheY
E: Flagellar motor switch protein fliM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9902
ポリマ－15,9902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
2
B: Chemotaxis protein cheY
F: Flagellar motor switch protein fliM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9902
ポリマ－15,9902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
3
C: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5884
ポリマ－14,3001
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3962
ポリマ－14,3001
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Chemotaxis protein cheY
D: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9846
ポリマ－28,5992
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.280, 53.480, 54.100
Angle α, β, γ (deg.)60.36, 60.75, 60.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Chemotaxis protein cheY


分子量: 14299.634 Da / 分子数: 4 / 変異: D13K Y106W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cheY / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Flagellar motor switch protein fliM


分子量: 1689.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: prepared using solid-state synthesis / 参照: UniProt: P06974
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.9
詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.98397,0.97938,0.97925, 0.97239
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.983971
20.979381
30.979251
40.972391
反射解像度: 1.45→13.6 Å / Num. obs: 71506 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
TNT精密化
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→13.6 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 3354 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.2 66426 --
obs0.2 63072 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER / Bsol: 125 Å2 / ksol: 0.83116 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→13.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 20 568 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00441830.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.32556171.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.0725770
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0031272
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0075855
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.41140660.3
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0281087
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 334 -
Rwork0.31 --
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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