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- PDB-5wq0: Receiver domain of Spo0A from Paenisporosarcina sp. TG-14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wq0
タイトルReceiver domain of Spo0A from Paenisporosarcina sp. TG-14
要素(Stage 0 sporulation protein) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Spo0A / Paenisporosarcina sp. TG-14
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stage 0 sporulation protein / Stage 0 sporulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paenisporosarcina sp. TG-14 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Lee, J.H. / Lee, C.W.
引用ジャーナル: J. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the inactive state of the receiver domain of Spo0A from Paenisporosarcina sp. TG-14, a psychrophilic bacterium isolated from an Antarctic glacier
著者: Lee, C.W. / Park, S.H. / Lee, S.G. / Shin, S.C. / Han, S.J. / Kim, H.W. / Park, H.H. / Kim, S. / Kim, H.J. / Park, H. / Park, H. / Lee, J.H.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Stage 0 sporulation protein
A: Stage 0 sporulation protein
C: Stage 0 sporulation protein
D: Stage 0 sporulation protein
E: Stage 0 sporulation protein
F: Stage 0 sporulation protein
G: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,40914
ポリマ－113,2397
非ポリマー1707
水1,63991
1
B: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6940 Å2
手法PISA
2
A: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
3
C: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
4
D: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5692
ポリマ－16,5451
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
5
E: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6760 Å2
手法PISA
6
F: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6780 Å2
手法PISA
7
G: Stage 0 sporulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1402
ポリマ－16,1161
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.969, 72.233, 189.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Stage 0 sporulation protein


分子量: 16115.652 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenisporosarcina sp. TG-14 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W2VN00*PLUS
#2: タンパク質 Stage 0 sporulation protein


分子量: 16545.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenisporosarcina sp. TG-14 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W2VN01*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride, 26%(w/v) PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 24741 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 11.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.604→31.572 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 1242 5.11 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1898 24290 98.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→31.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6795 0 7 91 6893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3449320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9362608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6041-2.70830.29591460.22512421X-RAY DIFFRACTION96
2.7083-2.83150.30361380.21562495X-RAY DIFFRACTION98
2.8315-2.98060.31161340.21482558X-RAY DIFFRACTION99
2.9806-3.16720.23961350.20492535X-RAY DIFFRACTION98
3.1672-3.41150.26571450.20712525X-RAY DIFFRACTION99
3.4115-3.75430.25191290.17862573X-RAY DIFFRACTION99
3.7543-4.29640.19761450.16752564X-RAY DIFFRACTION99
4.2964-5.40860.21671370.15712631X-RAY DIFFRACTION99
5.4086-31.57460.22371330.19182746X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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