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- PDB-5zve: The crystal structure of NSun6 from Pyrococcus horikoshii with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zve
タイトルThe crystal structure of NSun6 from Pyrococcus horikoshii with SAH
要素389aa long hypothetical nucleolar protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA modification / Archeal
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / RNA methylation / tRNA modification / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase / : / Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Nop2p / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase ...tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase / : / Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Nop2p / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.178 Å
データ登録者Li, J. / Liu, R.J. / Wang, E.D.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91440204 中国
National Natural Science Foundation of China81471113 中国
National Natural Science Foundation of China31770842 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Archaeal NSUN6 catalyzes m5C72 modification on a wide-range of specific tRNAs.
著者: Li, J. / Li, H. / Long, T. / Dong, H. / Wang, E.D. / Liu, R.J.
履歴
登録2018年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 389aa long hypothetical nucleolar protein
A: 389aa long hypothetical nucleolar protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3614
ポリマ－87,5932
非ポリマー7692
水5,819323
1
B: 389aa long hypothetical nucleolar protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1812
ポリマ－43,7961
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 389aa long hypothetical nucleolar protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1812
ポリマ－43,7961
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.982, 52.176, 83.804
Angle α, β, γ (deg.)80.630, 80.580, 67.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 5 - 388 / Label seq-ID: 1 - 384

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain BBA

-
要素

#1: タンパク質 389aa long hypothetical nucleolar protein / NSun6


分子量: 43796.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1991 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57712
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: magnesium acetate tetrahydrate, Sodium sodium cacodylate trihydrate , polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.178→50 Å / Num. obs: 39682 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 27.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 2.062 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.18-2.224.60.42115430.9130.1990.4680.45273.8
2.22-2.264.90.41317120.9390.1880.4550.72779.5
2.26-2.35.20.46617670.9180.2090.5130.59683.6
2.3-2.355.40.42718440.9270.1880.4680.65786.7
2.35-2.45.60.40619270.9390.1760.4440.57490.4
2.4-2.465.90.3719480.9560.1570.4030.77292.2
2.46-2.525.90.36320370.9580.1560.3960.68395.4
2.52-2.586.20.32320200.960.1380.3520.67395.6
2.58-2.6670.32620890.9650.130.3510.75697.4
2.66-2.757.20.29220610.9510.1160.3151.00197.2
2.75-2.847.20.23720380.9760.0940.2560.92696.8
2.84-2.967.10.220800.9870.080.2160.79697.1
2.96-3.096.70.17220840.9850.0710.1861.31896.9
3.09-3.267.10.14120630.9920.0570.1521.22697.6
3.26-3.467.40.11520440.9950.0450.1241.45497
3.46-3.737.30.09820890.9860.0380.1052.47997.9
3.73-4.16.80.08220890.9920.0330.0883.1298.3
4.1-4.77.30.07520720.9950.030.0814.3298.1
4.7-5.917.10.08921020.9710.0350.0954.62798
5.91-507.30.10920730.9780.0420.1179.78297.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WWQ

5wwq


解像度: 2.178→41.082 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1997 5.05 %
Rwork0.1891 --
obs0.1914 39519 92.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.61 Å2 / Biso mean: 31.7954 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.178→41.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6156 0 52 323 6531
Biso mean--30.4 35.04 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9018510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1682506
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3920X-RAY DIFFRACTION4.459TORSIONAL
12B3920X-RAY DIFFRACTION4.459TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1776-2.23210.28771030.22652039214271
2.2321-2.29240.33731220.2282385250782
2.2924-2.35990.29051400.2312512265287
2.3599-2.4360.29091480.22922625277391
2.436-2.52310.28561470.23072744289195
2.5231-2.62410.27671470.22172791293896
2.6241-2.74350.23391520.21962804295697
2.7435-2.88810.25071490.20842787293697
2.8881-3.0690.2671370.22042841297897
3.069-3.30580.29081630.21462803296698
3.3058-3.63830.23691540.18432807296197
3.6383-4.16440.19271460.15972829297598
4.1644-5.2450.18411370.14352838297597
5.245-41.08920.19151520.16222717286994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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