+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kj4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10 | ||||||
![]() | Protocadherin-15 | ||||||
![]() | Calcium-binding protein / hearing / mechanotransduction / adhesion | ||||||
Function / homology | ![]() detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / adult walking behavior / auditory receptor cell stereocilium organization / startle response ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / adult walking behavior / auditory receptor cell stereocilium organization / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / visual perception / locomotory behavior / morphogenesis of an epithelium / actin filament organization / sensory perception of sound / multicellular organism growth / response to calcium ion / cell adhesion / calcium ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Araya-Secchi, R. / Sotomayor, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: An elastic element in the protocadherin-15 tip link of the inner ear. Authors: Araya-Secchi, R. / Neel, B.L. / Sotomayor, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 361.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 297.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 447 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xhzSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25971.160 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Cadherin 9 and 10, residues 924-1149 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q99PJ1 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.71 Å3/Da / Density % sol: 78.47 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: oxford cryo-jet crystal cryocoolers | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2015 | |||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.35→50 Å / Num. obs: 31590 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 69.9 Å2 / CC1/2: 0.91 / Rmerge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 6.96 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.35→3.41 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4XHZ Resolution: 3.35→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 16.758 / SU ML: 0.134 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.068 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.308 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.35→46.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|