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Yorodumi- PDB-3slh: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carbox... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3slh | ||||||
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Title | 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate | ||||||
Components | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferaseEPSP synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Coxiella burnetii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 1.70 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase(AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate and glyphosate Authors: Light, S.H. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3slh.cif.gz | 739.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3slh.ent.gz | 614.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3slh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3roiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 46753.734 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coxiella burnetii (bacteria) / Strain: RSA 493 / Gene: aroA, CBU_0526 / Plasmid: MCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase |
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-Non-polymers , 12 types, 1572 molecules
#2: Chemical | ChemComp-BME / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-S3P / #5: Chemical | ChemComp-GPJ / #6: Chemical | ChemComp-SKM / ( #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-PEG / #9: Chemical | ChemComp-PGE / | #10: Chemical | ChemComp-1PE / | #11: Chemical | #12: Chemical | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: Protein solution: 7.5 mG/mL, 0.50 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3). Screen solution: Classics II (D7), 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2011 / Details: Beryllium lens |
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→30 Å / Num. all: 176888 / Num. obs: 176888 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB code: 3ROI Resolution: 1.7→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.945 / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.539 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→29.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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