PDB-5wxv: The crystal structure of VabB-ICL domain from Vibrio anguillarum 775

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wxv

タイトル

The crystal structure of VabB-ICL domain from Vibrio anguillarum 775

要素

Isochorismate lyase

キーワード

LYASE / Isochorismate lyase / VabB

機能・相同性

機能・相同性情報

isochorismatase / isochorismatase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio anguillarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Du, J. / Ma, Q.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structures of isochorismatase domains from Vibrio anguillarum 775
著者: Du, J. / Ma, Q.

履歴

登録	2017年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wxv.cif.gz	927.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wxv.ent.gz	773.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gleS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mi4-d 3tr1-d 5xo1-3 5xo1-2 4egr-3 2qft-d 3fjx-d 1j3h-1 1rf4-3 1q36-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Isochorismate lyase

B: Isochorismate lyase

C: Isochorismate lyase

D: Isochorismate lyase

E: Isochorismate lyase

F: Isochorismate lyase

G: Isochorismate lyase

H: Isochorismate lyase

I: Isochorismate lyase

J: Isochorismate lyase

K: Isochorismate lyase

L: Isochorismate lyase

296 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Isochorismate lyase

F: Isochorismate lyase

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49.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Isochorismate lyase

K: Isochorismate lyase

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3

C: Isochorismate lyase

D: Isochorismate lyase

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4

E: Isochorismate lyase

L: Isochorismate lyase

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5

G: Isochorismate lyase

H: Isochorismate lyase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
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6

I: Isochorismate lyase

J: Isochorismate lyase

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49.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.527, 173.882, 143.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isochorismate lyase 分子量: 24654.242 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-217 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio anguillarum (strain ATCC 68554 / 775) (バクテリア) 株: ATCC 68554 / 775 / 遺伝子: vabB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5DK16, UniProt: F7YMD2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG8000, 0.1M imidazole, 0.2M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.921 Å / Num. obs: 107112 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GLE

5gle

解像度: 2.3→47.921 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2734	5475	5.11 %
R_work	0.2056	-	-
obs	0.209	107112	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18888	0	0	342	19230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	26388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.591	11592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	3012
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.3712	192	0.3003	3242	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3262-2.3535	0.3784	211	0.2761	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3535-2.3822	0.3275	175	0.2516	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.2737	163	0.2573	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.3697	189	0.2626	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.3356	198	0.2542	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.3267	160	0.2485	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.3565	208	0.2441	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5904	0.3349	168	0.2468	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6328	0.3233	173	0.2577	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.3094	198	0.2408	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.3306	157	0.2406	3453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7794	0.3417	213	0.2373	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-2.8361	0.3265	183	0.2356	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.8977	0.3221	179	0.2334	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-2.9651	0.2836	185	0.2211	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0393	0.3167	190	0.2229	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0393-3.1214	0.3173	190	0.2188	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2133	0.3027	186	0.2138	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2133-3.317	0.2934	188	0.2055	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.4355	0.2626	176	0.1945	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4355-3.573	0.2256	165	0.1887	3462	X-RAY DIFFRACTION	99
3.573-3.7355	0.2774	217	0.1859	3295	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7355-3.9324	0.2071	152	0.1789	3426	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9324-4.1787	0.2588	180	0.1871	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1787-4.5011	0.2455	181	0.1697	3409	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5011-4.9536	0.22	144	0.1666	3392	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9536-5.6694	0.2359	220	0.1809	3335	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6694-7.1391	0.2544	167	0.2124	3444	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1391-47.9317	0.2387	167	0.2074	3433	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.8539 Å / Origin y: 6.5983 Å / Origin z: 35.9466 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2194 Å²	-0.0003 Å²	-0.002 Å²	-	0.2864 Å²	-0.0612 Å²	-	-	0.2722 Å²
L	-0.0181 °²	-0.0019 °²	-0.0037 °²	-	0.4034 °²	0.441 °²	-	-	0.4398 °²
S	-0.0041 Å °	0.003 Å °	0 Å °	0.0024 Å °	-0.0225 Å °	0.0755 Å °	-0.0001 Å °	-0.0275 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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