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- PDB-5xo1: Crystal structure of the isochorismatase domain of VabB from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xo1
タイトルCrystal structure of the isochorismatase domain of VabB from Vibrio anguillarum 775
要素Isochorismate lyase
キーワードHYDROLASE / VabB / isochorismatase / siderophore / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismatase / isochorismatase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain ...Isochorismatase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio anguillarum 775 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Ma, Q. / Du, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
1000 talents program 中国
100 talents program, CAS 中国
aoshan talentsNo. 2015ASTP 中国
postdoctorial science foundation2015M572091 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the isochorismatase domains from Vibrio anguillarum.
著者: Du, J. / Deng, T. / Ma, Q.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate lyase
B: Isochorismate lyase
C: Isochorismate lyase
D: Isochorismate lyase
E: Isochorismate lyase
F: Isochorismate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6946
ポリマ－148,6946
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Isochorismate lyase
B: Isochorismate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5652
ポリマ－49,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
2
C: Isochorismate lyase
D: Isochorismate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5652
ポリマ－49,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
3
E: Isochorismate lyase
F: Isochorismate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5652
ポリマ－49,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.854, 174.005, 49.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Isochorismate lyase


分子量: 24782.371 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-217 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio anguillarum 775 (バクテリア)
株: 775 / 遺伝子: vabB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5DK16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1M imidazole, 0.2M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月15日 / 詳細: dynamically bendable toroidal mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→143.85 Å / Num. obs: 61526 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.033 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.23→2.238 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.189 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 588 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.357 / Rsym value: 1.189 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
autoPROC1.0.4データ削減
autoPROC1.0.4データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XO0

5xo0


解像度: 2.23→32.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
詳細: TLS parameters are refined for each chain. Thin shell test set is used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3058 4.98 %Thin shells
Rwork0.193 ---
obs0.194 61425 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1086 Å20 Å20 Å2
2---5.7917 Å20 Å2
3---3.6831 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→32.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9757 0 0 175 9932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110004HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0913623HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3402SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1415HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10004HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1346SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11449SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.224 4246 -
all0.224 4246 -
obs--94.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.997-0.60590.65732.4176-0.32351.05310.1007-0.0634-0.20140.037-0.02020.19220.0728-0.0157-0.0805-0.18390.0887-0.0141-0.12460.0108-0.059352.73686.589670.2958
23.5556-0.81660.38582.6997-0.856520.11460.4580.7695-0.03-0.3707-0.5671-0.16680.29950.2561-0.24540.07020.0498-0.19670.1490.080368.51526.834560.2346
32.1256-0.3489-0.26212.0899-0.30781.6235-0.0098-0.1912-0.15340.08990.09010.206-0.1951-0.2184-0.0802-0.15410.0824-0.0114-0.03990.0267-0.152513.395133.686964.6892
43.083-1.50650.80682.2246-0.27032.15340.45150.527-0.9009-0.4548-0.19530.51230.33780.1113-0.2563-0.13210.1456-0.1931-0.1247-0.1460.011823.808312.341750.4599
52.5824-0.30480.70791.5716-0.56161.4972-0.06010.20030.3338-0.21510.0048-0.0385-0.14430.1140.0553-0.103-0.0054-0.0095-0.07840.0183-0.145930.713259.94648.2174
63.36090.0393-0.30531.80670.12072.8283-0.0305-0.2140.4864-0.0490.0207-0.5492-0.10610.70320.0097-0.3336-0.0213-0.01330.0422-0.0413-0.025454.343159.305862.665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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