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- PDB-3rcw: Crystal Structure of the bromodomain of human BRD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rcw
タイトルCrystal Structure of the bromodomain of human BRD1
要素Bromodomain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


unmodified histone reader activity / histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / histone reader activity / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation ...unmodified histone reader activity / histone H3-K14 acetyltransferase complex / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / erythrocyte maturation / histone reader activity / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / perikaryon / nuclear speck / chromatin remodeling / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1-methylpyrrolidin-2-one / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Felletar, I. / Pike, A.C.W. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Felletar, I. / Pike, A.C.W. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 1
B: Bromodomain-containing protein 1
C: Bromodomain-containing protein 1
D: Bromodomain-containing protein 1
E: Bromodomain-containing protein 1
F: Bromodomain-containing protein 1
G: Bromodomain-containing protein 1
H: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,64513
ポリマ－125,3048
非ポリマー3415
水2,990166
1
A: Bromodomain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6631
ポリマ－15,6631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6631
ポリマ－15,6631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7622
ポリマ－15,6631
非ポリマー991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7222
ポリマ－15,6631
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Bromodomain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6631
ポリマ－15,6631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7252
ポリマ－15,6631
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7252
ポリマ－15,6631
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Bromodomain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7222
ポリマ－15,6631
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.137, 51.245, 130.626
Angle α, β, γ (deg.)100.610, 90.750, 93.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein / Bromodomain and PHD finger-containing protein 2


分子量: 15662.945 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物 ChemComp-MB3 / 1-methylpyrrolidin-2-one / N-メチルピロリドン


分子量: 99.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 32.5% PEG3350, 5% EtGly, 0.1M Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2 % / Av σ(I) over netI: 11.3 / 数: 106585 / Rsym value: 0.057 / D res high: 2.21 Å / D res low: 19.892 Å / Num. obs: 53142 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
2.212.3396.810.4180.4182.1
2.332.4796.710.2690.2692
2.472.6497.110.190.192
2.642.8596.910.1320.1322.1
2.853.1396.710.0850.0851.9
3.133.4996.910.0550.0552.1
3.494.0396.910.0360.0362
4.034.9497.510.0290.0292
4.946.9996.510.0310.0311.9
6.9919.8992.310.0240.0242
反射解像度: 2.21→19.892 Å / Num. all: 54956 / Num. obs: 53142 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.21-2.332.10.4181.91595577680.41896.8
2.33-2.4720.2692.91464873630.26996.7
2.47-2.6420.194.11376969040.1997.1
2.64-2.852.10.1325.81330864890.13296.9
2.85-3.131.90.0858.91138058730.08596.7
3.13-3.492.10.05513.41098053280.05596.9
3.49-4.0320.03619.4927047360.03696.9
4.03-4.9420.02922.9816040180.02997.5
4.94-6.991.90.03121.1593330570.03196.5
6.99-19.89220.02422.8318216060.02492.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.89 Å
Translation2.5 Å19.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 3HME, 2MB3, 2OSS, 2OIO, 2GRC, 2OO1, 3DAI, 3D7C, 3DWY

3hme

2mb3

2oss

2oio
PDB 未公開エントリ

2grc

2oo1

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 2.21→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2751 / WRfactor Rwork: 0.2061 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7911 / SU B: 16.215 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.2746 / SU Rfree: 0.2372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 1999 3.8 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
all0.2087 54860 --
obs0.2087 53137 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.4 Å2 / Biso mean: 41.3436 Å2 / Biso min: 11.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å2-0.7 Å20.95 Å2
2---1.75 Å2-1.3 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7216 0 23 166 7405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9749994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.902312247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4245905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91523.826379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.296151281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0041569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.44234550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.46331804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.23857314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.25882838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.608112677
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 140 -
Rwork0.298 3765 -
all-3905 -
obs--96.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32810.8993-0.78131.533-0.55080.4112-0.0170.1336-0.1737-0.0942-0.0157-0.1373-0.0351-0.07890.03270.0690.00280.02530.074-0.03790.08070.442910.406186.1506
2-0.20540.06490.06481.8453-1.03931.55080.01710.0195-0.02550.1589-0.01990.0841-0.1729-0.03090.00270.10260.0010.03640.0683-0.02930.07827.3383-11.665678.3165
30.69220.7938-0.48041.59970.23570.7374-0.05670.0792-0.05340.0239-0.0601-0.0439-0.0619-0.13710.11680.08290.0735-0.03020.1304-0.00530.02963.5877-13.2509129.6753
4-0.0767-0.0990.08731.22650.79021.91210.0269-0.00090.0395-0.13280.015-0.04550.02130.1051-0.04190.05330.00310.02640.1046-0.00220.078419.169319.314260.0304
5-0.417-0.2970.29191.09580.43091.3929-0.00020.18420.25390.2126-0.2028-0.06260.5263-0.09160.2030.19-0.03860.03050.1146-0.01410.0234-16.69255.365625.9458
61.2727-1.96290.73062.856-0.53480.7044-0.05810.1010.18380.2165-0.0963-0.1411-0.02380.03380.15450.0652-0.0167-0.0350.05750.02470.09921.2786-17.170218.6729
71.2715-0.8037-0.0171.08720.01330.5149-0.0333-0.0760.09610.04660.06780.02370.0899-0.0342-0.03450.0767-0.02810.02390.074-0.03490.0836-9.4011-20.6135105.4405
8-0.27420.71941.27182.89422.72777.68390.0165-0.0185-0.1305-0.20690.3571-0.1311-0.58790.0049-0.37360.08680.0092-0.01820.0969-0.03260.00680.9064-23.973343.8433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A562 - 678
2X-RAY DIFFRACTION2B563 - 680
3X-RAY DIFFRACTION3C565 - 675
4X-RAY DIFFRACTION4D564 - 675
5X-RAY DIFFRACTION5E563 - 678
6X-RAY DIFFRACTION6F564 - 676
7X-RAY DIFFRACTION7G564 - 675
8X-RAY DIFFRACTION8H566 - 673

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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