PDB-3iml: Crystal Structure Of S-Adenosylmethionine Synthetase From Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iml

タイトル

Crystal Structure Of S-Adenosylmethionine Synthetase From Burkholderia Pseudomallei

要素

S-adenosylmethionine synthetase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase / structural genomics / ATP-binding / Cobalt / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / One-carbon metabolism / Potassium / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2009年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iml.cif.gz	262.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iml.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3iml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3iml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1rg9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t8t-d 5t8s-d 1o9t-d 7lnn-d 6rka-1 4ikx-d 1o92-d 1xrb-1 7bht-1 6fwb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: bupsA.00040.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthetase

B: S-adenosylmethionine synthetase

C: S-adenosylmethionine synthetase

D: S-adenosylmethionine synthetase

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthetase

B: S-adenosylmethionine synthetase

ソフトウェアが定義した集合体
86 kDa, 2 ポリマー
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2

C: S-adenosylmethionine synthetase

D: S-adenosylmethionine synthetase

ソフトウェアが定義した集合体
86 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	236.303, 119.443, 65.353
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthetase / Methionine adenosyltransferase / AdoMet synthetase / MAT 分子量: 42988.406 Da / 分子数: 4 / 断片: S-adenosylmethionine synthetase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: metK, BPSL0212 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63YH5, methionine adenosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthetase / Methionine adenosyltransferase / AdoMet synthetase / MAT

分子量: 42988.406 Da / 分子数: 4 / 断片: S-adenosylmethionine synthetase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: metK, BPSL0212 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63YH5, methionine adenosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HAMPTON CRYSTAL SCREEN HT CONDITION B11. 100 MM HEPES PH 7.5, 30% PEG-400, 200 MM MGCL2. PROTEIN CONCENTRATION 26 MG/ML, VAPOR DIFFUSIONI, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 71326 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.395 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Swissmodel based on PDB entry 1RG9

1rg9

解像度: 2.35→28.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 17.619 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	3602	5.1 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.22	71117	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.79 Å²	0 Å²	-1.99 Å²
2-	-	-2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→28.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10366	0	0	133	10499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	10570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.974	14368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	3	17246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.289	5	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.899	23.51	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.534	15	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.884	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	6838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.092	1.5	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1	2	10948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.397	3	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.281	4.5	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	217	-
R_work	0.288	4033	-
obs	-	-	79.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9751	-0.5727	0.7529	1.246	-0.7471	1.6273	-0.0077	0.2214	0.0251	0.0219	-0.0304	-0.0348	-0.0288	0.1411	0.0381	0.1489	0.0363	0.0065	0.1313	-0.0472	0.0313	-34.8191	41.0243	17.1592
2	1.9374	-0.3441	0.4394	1.6927	-0.2276	1.4631	-0.0972	-0.266	0.3116	0.099	0.1561	-0.1154	-0.0561	0.072	-0.0589	0.1618	0.0461	0.0293	0.236	-0.1496	0.1348	-39.5266	59.6295	32.5719
3	1.4963	-1.3721	0.3151	3.7209	-0.8546	1.182	0.1535	0.1415	-0.3739	-0.3541	0.0851	0.6009	0.2031	-0.0426	-0.2386	0.1644	-0.0417	-0.0997	0.1256	0.0615	0.2858	-84.3683	52.2086	-4.6105
4	1.6127	1.126	0.1331	3.1221	0.0055	1.57	-0.0331	-0.0539	0.2061	0.0352	0.1421	0.4376	-0.0362	-0.2171	-0.1089	0.1109	-0.0016	-0.0034	0.1326	0.1106	0.2908	-91.5706	47.1613	19.4556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 386
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 387
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 378
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 378

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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