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- PDB-3eov: Crystal structure of cyclophilin from Leishmania donovani ligated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eov
タイトルCrystal structure of cyclophilin from Leishmania donovani ligated with cyclosporin A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPPRESSANT / CYCLOPHILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA DONOVANI (ドノバンリーシュマニア)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Venugopal, V. / Dasgupta, D. / Datta, A.K. / Banerjee, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of Cyclophilin from Leishmania Donovani Bound to Cyclosporin at 2.6 A Resolution: Correlation between Structure and Thermodynamic Data.
著者: Venugopal, V. / Datta, A.K. / Bhattacharyya, D. / Dasgupta, D. / Banerjee, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of Cyclophilin from Leishmania Donovani at 1.97 A Resolution.
著者: Venugopal, V. / Sen, B. / Datta, A.K. / Banerjee, R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Lack of Abundance of Cytoplasmic Cyclosporin A- Binding Protein Renders Free-Living Leishmania Donovani Resistant to Cyclosporin A.
著者: Dutta, M. / Delhi, P. / Sinha, K.M. / Banerjee, R. / Datta, A.K.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
C: CYCLOSPORIN A
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6224
ポリマ－40,6224
非ポリマー00
水1,36976
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
C: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3112
ポリマ－20,3112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
2
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3112
ポリマ－20,3112
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.810, 83.125, 73.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / PPIASE / ROTAMASE / CYCLOPHILIN


分子量: 19090.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA DONOVANI (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: CYP / プラスミド: PQE32 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9U9R3, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド CYCLOSPORIN A / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
配列の詳細THE N-TERMINAL 5 RESIDUES 'HHHHHH' IN CHAINS A AND B IS AN ENGINEERED EXPRESSION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.02M TRIS, 15% PEG3350, 0.1M NACL, 0.02% AZIDE, PH 8.5, 6% ETHYL ALCOHOL, CONCENTRATION: 10 MG/ML 1:1 CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX, TEMPERATURE 292K, BATCH METHOD, PH 8.50, SMALL TUBES

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月1日 / 詳細: OSMIC MAXFLUX CONFOCAL MULTILAY
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 12040 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.11 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HAQ

2haq


解像度: 2.6→27.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 780102.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 623 5.2 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 12040 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.6 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.41 Å20 Å21.4 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----14.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2728 0 0 76 2804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.149 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 2 0.1 %
Rwork0.315 1968 -
obs--94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CSA.PARAMCSA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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