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Yorodumi- PDB-1ytl: Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex ep... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 1ytl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 | ||||||
Components | Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Acetyl-CoA decarboxylase-synthase complex / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
| Function / homology | methanogenesis, from acetate / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon 2 Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Archaeoglobus fulgidus (archaea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 from Archaeoglobus fulgidus Authors: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 1ytl.cif.gz | 151.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb1ytl.ent.gz | 123.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 1ytl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/1ytl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/1ytl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19595.760 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Archaeoglobus fulgidus (archaea) / Gene: cdhB2 / Plasmid: pMCSG / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 37.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: MgCl, Tris Cl, PEG 5K MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97937 Å |
| Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2004 |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 56229 / Num. obs: 51787 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / % possible all: 72.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 9.163 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.903 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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