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- PDB-4dgc: TRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: cyclosporin A complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dgc | ||||||
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Title | TRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: cyclosporin A complex | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / anti-viral protein / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT complex | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / platelet activation / platelet aggregation / integrin binding / protein folding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / protein ubiquitination / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caines, M.E.C. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / James, L.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Diverse HIV viruses are targeted by a conformationally dynamic antiviral. Authors: Caines, M.E. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / Towers, G.J. / Willett, B.J. / Freund, S.M. / James, L.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4dgaC ![]() 4dgbC ![]() 4dgdC ![]() 4dgeC ![]() 2wlwS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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Components
#1: Protein | Mass: 18016.473 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: cyclophilin domain (UNP residues 304-468) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: B0LJC8, UniProt: P62940*PLUS, peptidylprolyl isomerase #2: Protein/peptide | ![]() Details: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI. Source: (synth.) ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) ...CYCLOSPORI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2.05 M ammonium sulfate, 10 MM magnesium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: single crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→93.938 Å / Num. all: 41285 / Num. obs: 41285 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 58.64 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WLW Resolution: 2.65→93.938 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.1836 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8853 / SU B: 12.683 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.3815 / SU Rfree: 0.2488 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.4 Å2 / Biso mean: 43.0877 Å2 / Biso min: 12.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→93.938 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2032 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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