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- PDB-3dah: 2.3 A crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dah
タイトル2.3 A crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase from Burkholderia pseudomallei
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / BURKHOLDERIA / PSEUDOMALLEI / RIBOSE / PHOSPHATE / PYROPHOSPHOKINASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / Magnesium / Metal binding / Nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose phosphate diphosphokinase complex / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like ...Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2008年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,71413
ポリマ－103,0073
非ポリマー1,70610
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,42726
ポリマ－206,0146
非ポリマー3,41320
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area22970 Å2
ΔGint-51.4 kcal/mol
Surface area62650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.966, 123.242, 197.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase


分子量: 34335.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: prsA, BURPS1710b_0753 / プラスミド: Ava0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JW86, UniProt: Q63XL8*PLUS, ribose-phosphate diphosphokinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium formate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月2日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 41722 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.384.40.4936480.875187.1
2.38-2.484.90.46139800.914194.7
2.48-2.595.40.40141400.954198.3
2.59-2.736.10.36842300.9531100
2.73-2.96.40.27742060.9521100
2.9-3.126.60.21442391.0071100
3.12-3.446.70.13642460.9721100
3.44-3.936.70.07742660.8351100
3.93-4.956.60.05442920.9341100
4.95-506.40.03344750.8471100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.55 Å49.34 Å
Translation2.55 Å49.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DKU

1dku


解像度: 2.3→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.489 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2110 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 41695 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6637 0 104 138 6879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.32429242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4325878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72723.704270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.779151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8491562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.23084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24645
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.54548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89427051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25432537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.14.52191
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 125 -
Rwork0.279 2527 -
all-2652 -
obs--84.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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