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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xgy | ||||||
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タイトル | Complex of Rabbit Endogenous Lentivirus (RELIK)Capsid with Cyclophilin A | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/ISOMERASE (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-ISOMERASE COMPLEX (ウイルス性) / RETROVIRAL CAPSID / ENDOGENOUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / 好中球 / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / 凝固・線溶系 / 血小板 / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / フォールディング / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Goldstone, D.C. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2010 タイトル: Structural and Functional Analysis of Prehistoric Lentiviruses Uncovers an Ancient Molecular Interface. 著者: Goldstone, D.C. / Yap, M.W. / Robertson, L.E. / Haire, L.F. / Taylor, W.R. / Katzourakis, A. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xgy.cif.gz | 135.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xgy.ent.gz | 107.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16511.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 解説: SYNTHESISED RECONSTRUCTED GENE / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18821.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62937, プロリルイソメラーゼ | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 141-149 ARE AN EXPRESSION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 16-26% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 35238 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 30.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 71.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→24.482 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.894 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.482 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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