PDB-2alf: crystal structure of human CypA mutant K131A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2alf

タイトル

crystal structure of human CypA mutant K131A

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / virion binding / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / virion binding / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / activation of protein kinase B activity / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Assembly Of The HIV Virion / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Budding and maturation of HIV virion / platelet activation / platelet aggregation / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / neuron differentiation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hu, H. / Huang, C.-Q. / Liu, H.-L. / Han, Y. / Chen, M.-E. / Yu, L. / Bi, R.-C.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Nuclease activity of Cyclophilin A and its structural basis
著者: Hu, H. / Huang, C.-Q. / Liu, H.-L. / Han, Y. / Chen, M.-E. / Yu, L. / Bi, R.-C.

履歴

登録	2005年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2alf.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2alf.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2alf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2alf_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2alf_full_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示
XML形式データ	2alf_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	2alf_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4n1n-d 3k0r-d 4yul-d 1a3u-d 5ta4-d 6u5e-d 6u5c-d 5nov-d 1w8v-d 4n1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (7) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (7) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (19)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (7)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (7)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.585, 68.264, 137.794
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase / Rotamase / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein 分子量: 17847.271 Da / 分子数: 1 / 変異: K131A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CyPA / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.196073 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55156 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris Hydrochloride, Polyethylene Glycol 8000, magnesium chloride, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 12936 / Num. obs: 12379 / % possible obs: 95.7 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Χ²: 1.158
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 91.3 % / R_merge(I) obs: 0.321 / Num. measured obs: 1132 / Χ²: 0.791

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.385 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.66

	最高解像度	最低解像度
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR	2.5	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→24 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数
R_free	0.226	-
R_work	0.193	-
all	-	12370
obs	-	11819

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.879 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	1	245	1500

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)