PDB-1uub: Solution structure of a truncated bovine pancreatic trypsin inhib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uub

タイトル

Solution structure of a truncated bovine pancreatic trypsin inhibitor mutant, 3-58 BPTI (K15R, R17A, R42S)

要素

BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

キーワード

INHIBITOR / SERINE PROTEASE INHIBITOR / PHARMACEUTICAL / 3D-STRUCT

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / negative regulation of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Zhang, W. / Nielsen, C.B. / Hansen, P.E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structures of Modified and Truncated Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor Proteins (3-58 Bpti'S)
著者: Zhang, W. / Nielsen, C.B. / Hansen, P.E.

履歴

登録	2003年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1uub.cif.gz	313.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1uub.ent.gz	256.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1uub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1uub_validation.pdf.gz	343.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1uub_full_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示
XML形式データ	1uub_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	1uub_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aal 1b0c 1bhc 1bpi 1bpt 1bth 1bti 1bz5 1bzx 1cbw 1co7 1d0d 1eaw 1ejm 1f5r 1f7z 1fan 1fy8 1g6x 1jv8 1jv9 1k09 1k6u 1ld5 1ld6 1mtn 1nag 1oa5 1oa6 1pit 1qlq 1tpa 1uua 2hex 2kai 2ptc 2tgp 2tpi 3btd 3bte 3btf 3btg 3bth 3btk 3btm 3btq 3btt 3btw 3tgi 3tgj 3tgk 3tpi 4pti 4tpi 5pti 6pti 7pti 8pti 9pti
類似構造データ	6gv7-d 1f62-d 1n4n-d 2lb2-d 2lj7-d 3szs-6 6jwe-d 2lb0-d 6zsz-d 6ycv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

6.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	19 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION & LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / BASIC PROTEASE INHIBITOR / BPI / BPTI / APROTININ 分子量: 6145.041 Da / 分子数: 1 / 断片: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR, RESIDUES 38-93 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P00974
構成要素の詳細	FUNCTION: INHIBITS TRYPSIN, KALLIKREIN, CHYMOTRYPSIN, AND PLASMIN. ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ...FUNCTION: INHIBITS TRYPSIN, KALLIKREIN, CHYMOTRYPSIN, AND PLASMIN. ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, LYS 50 TO ARG ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ARG 52 TO ALA ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ARG 77 TO SER
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING PROTON 2D NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELED 3-58 BPTI MUTANT

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4.6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1	BRUNGER	精密化
MNMR			構造決定
Pronto			構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION & LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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