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万見
- PDB-6zsz: Crystal structure of the Grindelwald extracellular domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsz
タイトルCrystal structure of the Grindelwald extracellular domain complex
要素Protein grindelwald
キーワードSIGNALING PROTEIN / TNF receptor / JNK cascade / TNF / signaling / extracellular / tumor necrosis factor
機能・相同性tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / apical plasma membrane / plasma membrane / Tumor necrosis factor receptor superfamily member grnd
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Palmerini, V. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Drosophila TNFRs Grindelwald and Wengen bind Eiger with different affinities and promote distinct cellular functions.
著者: Palmerini, V. / Monzani, S. / Laurichesse, Q. / Loudhaief, R. / Mari, S. / Cecatiello, V. / Olieric, V. / Pasqualato, S. / Colombani, J. / Andersen, D.S. / Mapelli, M.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein grindelwald


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9201
ポリマ－5,9201
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)31.450, 31.450, 97.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein grindelwald


分子量: 5919.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: grnd, CG10176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VJ83
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 45 % MPD, 0.2 M ammonium acetate concentration 82 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0751 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0751 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→48.88 Å / Num. obs: 4051 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 221.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 163.4
反射 シェル解像度: 1.92→5.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique obs: 89 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.94 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 675 10.01 %
Rwork0.1655 6071 -
obs0.1696 3976 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.46 Å2 / Biso mean: 14.5752 Å2 / Biso min: 4.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数378 0 0 48 426
Biso mean---27.29 -
残基数----48
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-2.070.20481090.1507939104873
2.07-2.280.20621450.15321261140699
2.28-2.610.20741380.165813011439100
2.61-3.280.17241370.173312651402100
3.29-29.940.23031460.170313051451100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05730.23620.160.35490.09850.99970.04460.0765-0.1269-0.0766-0.07810.1023-0.1021-0.02610.00730.06370.0214-0.01450.0510.00270.05295.501815.403543.5543
22.8345-0.54972.26110.96460.40442.6306-0.33580.26860.2538-0.310.0293-0.0916-0.51580.26450.0740.1431-0.05440.02250.09520.02560.0636.74117.857235.708
32.31490.898-1.25152.4493-1.09292.50480.0066-0.1707-0.03570.1883-0.1753-0.2633-0.24290.39490.0210.0906-0.0735-0.04640.0960.01340.05947.54912.070129.3719
47.1331.583-3.7172.28911.64765.09220.127-0.04610.07720.0189-0.08330.2332-0.2799-0.429-0.08640.116-0.02960.00340.17490.00250.1849-3.046611.297734.3823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 52 )A34 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 61 )A53 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 76 )A62 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 81 )A77 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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