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- PDB-6zt0: Crystal structure of the Eiger TNF domain/Grindelwald extracellul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zt0
タイトルCrystal structure of the Eiger TNF domain/Grindelwald extracellular domain complex
要素
  • Protein eiger
  • Protein grindelwald
キーワードSIGNALING PROTEIN / TNF receptor / JNK cascade / TNF / signaling / extracellular / tumor necrosis factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sensory perception of pain / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / response to tumor cell / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / melanization defense response / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / engulfment of apoptotic cell / apical protein localization ...positive regulation of sensory perception of pain / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / response to tumor cell / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / melanization defense response / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / engulfment of apoptotic cell / apical protein localization / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of multicellular organism growth / glial cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / cytokine activity / positive regulation of JNK cascade / wound healing / neuron cellular homeostasis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / signaling receptor binding / innate immune response / apoptotic process / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein eiger / Protein grindelwald
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Palmerini, V. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Drosophila TNFRs Grindelwald and Wengen bind Eiger with different affinities and promote distinct cellular functions.
著者: Palmerini, V. / Monzani, S. / Laurichesse, Q. / Loudhaief, R. / Mari, S. / Cecatiello, V. / Olieric, V. / Pasqualato, S. / Colombani, J. / Andersen, D.S. / Mapelli, M.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein eiger
AAAA: Protein grindelwald
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6525
ポリマ－22,4662
非ポリマー1863
水2,126118
1
A: Protein eiger
AAAA: Protein grindelwald
ヘテロ分子

A: Protein eiger
AAAA: Protein grindelwald
ヘテロ分子

A: Protein eiger
AAAA: Protein grindelwald
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95615
ポリマ－67,3986
非ポリマー5599
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.707, 78.707, 57.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

21A-671-

HOH

31A-681-

HOH

41A-684-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein eiger


分子量: 16546.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: egr, Darth, CG12919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MUJ1
#2: タンパク質 Protein grindelwald


分子量: 5919.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: grnd, CG10176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VJ83
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 14 % PEG 4000 0.2 M MgCl2 concentration 28 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→57.66 Å / Num. obs: 13860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 663 / CC1/2: 0.569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ収集
PHENIX1.17_3644精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RJ8

1rj8


解像度: 2.02→44.02 Å / SU ML: 0.2682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.5697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 619 4.47 %
Rwork0.1913 13236 -
obs0.1925 13855 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→44.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 12 118 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58192167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7828221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.220.30171680.27633220X-RAY DIFFRACTION99.71
2.22-2.540.23961710.22813256X-RAY DIFFRACTION100
2.55-3.210.23051260.19623333X-RAY DIFFRACTION100
3.21-44.020.18241540.15933427X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02188116307-0.160300763574-0.9575768329553.759108379221.052020846385.74252002090.133339275173-0.2697953640170.1428189285560.4046551863210.137422671725-0.3704683503810.1963677563550.2096893851740.08778946413790.236708254362-0.0330483889662-0.132954970150.243555299219-0.04519713445850.294281849551-23.930155628128.159974648516.9939618157
22.82311602429-0.6702608164830.9354679756283.263224082331.76808807285.10115254308-0.469702873458-0.315838277017-1.012936483480.399203606706-0.255460270422-0.6911867116811.136045351521.008947704260.2339847991580.4269622276220.100263591310.1382771045510.464626174773-0.02295037419090.763668357455-16.450103588513.73712946225.03084741666
31.97983638222-0.881874886236-1.964206670748.974767274046.447836098145.026627454870.110212855568-0.06764666618640.2232562674480.1870674369710.0495240296374-0.248715340171-0.153269671130.464077900553-0.1323010584930.2649048089370.00518074292042-0.09269434807840.278635224942-0.02557722426810.39015477913-23.496283202731.067864448415.9587344386
42.192353908-0.2776586929190.04600556617422.50662656087-1.070800220143.51747156180.014882779441-0.5294049486310.015011943510.481312574053-0.0962839449585-0.414960787694-0.1016348293360.4100999114120.05070531650170.255916114122-0.0123941439698-0.06250004474680.2726796246420.002402601734670.279359957851-25.126764046922.424849520320.041688923
52.754372155640.1451284841980.739700357752.14494754306-1.174202976392.823465746830.0538552200492-0.0269853886243-0.02136615121790.08848254080360.114588531753-0.117983223241-0.03624348726620.210448617612-0.1479939421420.210308588316-0.001034283696340.02208461161250.175355234147-0.04418402060120.32296980518-26.984600794118.59366057172.05409148415
61.534044776810.3418953692022.925987086560.06567499904740.1613590791959.85432648089-0.208752871611-0.100496244955-0.05772723557450.0248254403368-0.0259067242585-0.364066632997-0.0710245440147-0.1487651646910.2818178646770.213842512570.003876320117770.004397870086230.1484909349270.0202840588250.254152428559-31.318232891714.66091372826.05886265928
70.727186484039-1.20262775902-1.197349056722.28388803412.611065764123.068981603790.2959929233410.6460822572680.698396534611-0.9208717563050.304104372613-1.08442895477-1.09583766767-0.260483781427-0.6787988536410.4205180476180.04947975105080.1193624034360.3748015816230.04926271505240.183676646916-33.436421095627.5250906341-11.0630565391
82.132971825010.746515973938-0.3902964203882.56239205807-0.2522662432881.895237358250.116659817185-0.255041123847-0.1103761687460.2819386081730.04692463143740.009859212422350.1946732928360.2567032529280.04636087775470.1999029796070.0238337038618-0.05944514940940.192894377926-0.002148478896390.2018632764-33.379694385819.031761488112.4848348658
92.412296189970.4724494998840.3016207107242.86706339751-0.6747971103892.187833268910.0582030779622-0.239730732103-0.2635524505550.5355559009810.12570815882-0.424092305698-0.2649023482520.418619036357-0.1192308174440.23924615720.0385827561032-0.08447361890550.2306780806880.03911369756610.386896545293-21.742994636916.412086305712.5957637627
104.602792262-1.08760124271-0.6979659741237.115103463870.2091894284353.524196831790.0645461845791-0.005893041308740.66506315109-0.2320802932220.189707096013-0.657827995044-0.4051927067180.269879467781-0.141848502450.161624195331-0.05048054897270.004161237924620.1811496220880.01233992430530.260738282265-26.119756392832.28549201314.36215360042
114.688394611610.490445874845-1.978449973542.292283730511.627971435982.37948856764-0.234250101459-0.345072086372-0.3776145895910.492138076174-0.369804325277-0.210042559992-0.09243001536650.05428563782290.5661517923770.22333453011-0.0243007527665-0.0200240622570.272582125753-0.02069642250310.182891541917-31.544005650523.789973687919.7486362911
124.54986336546-2.646060956721.166061990872.0008217656-0.8520529197950.471485239035-0.03179318263290.144991529052-0.0391101268916-0.487934086513-0.201334387132-0.9646734232830.3615402075340.6695673186110.0163649479140.3203237272610.01449339228930.1160461342010.300156595329-0.04466226358570.479635012212-24.2058298869-0.0434166939275-9.87994688415
133.62818083738-0.411947715363-1.405011933053.161264202611.631902483395.92748023109-0.03992909057970.257396612444-0.165366621073-0.197622217506-0.08115792565180.02567206523060.0480605703577-0.02871031387250.03682873520750.203652466191-0.008379473237110.01252357950360.2367280679110.01767482908050.3539601497-26.48843437669.55144361444-9.78371530543
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159.66346384195-1.41646575453-2.618533280826.89476726934-0.9331883717487.07739788937-0.19584397045-0.349993949855-0.584124446495-0.3843195366020.106223474068-1.15788126670.2238487183650.3127147762520.04537929207120.265300269085-0.04929153715580.1399326148770.44562653133-0.008450258151220.557464696657-16.705129261111.2040798615-11.4867717342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 275 through 288 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 289 through 299 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 300 through 309 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 310 through 338 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 339 through 353 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 354 through 362 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 363 through 371 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 372 through 382 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 383 through 396 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 397 through 408 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 409 through 415 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 31 through 44 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 45 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 62 through 69 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 70 through 81 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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