PDB-1rj8: The crystal structure of TNF family member EDA-A2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rj8

タイトル

The crystal structure of TNF family member EDA-A2

要素

ectodysplasin-A isoform EDA-A2

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / TNF domain / jelly roll / splice variant / trimer / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFs bind their physiological receptors / death receptor agonist activity / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Ackerly, H. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of EDA-A1 and EDA-A2: splice variants with distinct receptor specificity
著者: Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Ackerly, H. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M.

履歴

登録	2003年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref Item: _diffrn_source.type / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.7	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rj8.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rj8.ent.gz	138.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rj7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h49-d 1f7n-1 6wz2-d 6wz1-d 5h4c-d 1f7p-d 6ie2-4 1f7n-3 2wq5-1 1f7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

B: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

D: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

E: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

F: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

G: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

B: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

D: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

F: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

G: ectodysplasin-A isoform EDA-A2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.723, 161.337, 51.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biologically relevant assembly is one trimer. The asymmetric unit contains two trimers

#1: タンパク質	ectodysplasin-A isoform EDA-A2 分子量: 17954.387 Da / 分子数: 6 / 断片: TNF domain of EDA-A2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: PCC 7942 / 遺伝子: EDA gene, splice form EDA-A2 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q92838
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 30 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Hepes, 25% Peg 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 19K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	12 mg/ml	protein	1	drop
2	25 %	PEG3350	1	reservoir
3	0.2 M		1	reservoir	NaCl
4	0.1 M	HEPES	1	reservoir		pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月24日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射	モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→30 Å / Num. all: 38487 / Num. obs: 37259 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.23→2.33 Å / 冗長度: 2.51 % / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 3698 / R_sym value: 0.089 / % possible all: 94.6
反射	PLUS Num. measured all*: 101523
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 93.1 % / R_merge(I) obs*: 0.079

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.07	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: EDA-A1 trimer containing residues 248-307, 319-333, 347-390

解像度: 2.23→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 7.362 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24052	3700	9.9 %	THIN SHELLS
R_work	0.20009	-	-	-
all	0.2043	37233	-	-
obs	0.2043	33523	97.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0.55 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6594	0	0	182	6776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.94	9120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.757	3	14124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.419	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	7226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.189	5	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	6	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.799	6	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.644	8	2388

LS精密化シェル

解像度: 2.233→2.279 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.25	374
R_work	0.208	2095

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1653	0.4866	0.1845	1.694	0.3842	3.4624	-0.0603	0.2328	-0.0441	-0.064	0.0356	-0.0471	0.1826	0.0844	0.0247	0.0318	0.0041	0.0163	0.0882	0.0241	0.0609	16.791	5.563	9.96
2	1.7492	0.5341	0.0629	5.2261	2.3682	4.4557	-0.0213	-0.1079	-0.1946	-0.0223	0.0416	0.0771	0.3422	-0.0055	-0.0203	0.0631	0.0145	0.0042	0.081	0.0638	0.082	7.741	-9.913	23.913
3	3.8682	0.8543	1.9145	1.3248	-0.0089	2.9229	0.0058	-0.0839	0.1887	0.0355	-0.0407	0.1108	-0.3301	-0.1603	0.0349	0.0486	0.0301	0.0555	0.0637	0.0185	0.0689	-3.802	8.464	18.542
4	3.9337	0.0931	1.3479	3.5158	-0.2705	4.196	-0.1189	-0.0265	0.2179	0.0957	0.1089	0.5859	-0.1277	-0.3166	0.01	0.0727	-0.0153	0.0071	0.0653	0.0082	0.2531	13.472	33.057	8.422
5	3.5124	-0.5349	0.3209	6.3322	-0.849	3.4004	0.0282	-0.021	0.1229	0.1388	0.0093	-0.1497	-0.2132	0.2391	-0.0374	0.1738	-0.0227	0.0299	0.067	-0.0594	0.1231	27.687	50.684	8.286
6	2.8886	-1.5183	1.0507	4.682	-1.1701	4.4393	0.2117	0.3207	-0.1589	-0.5559	-0.1216	-0.0724	0.246	0.1908	-0.09	0.1145	0.0043	0.0075	0.0984	-0.0567	0.1824	33.65	31.845	-2.257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	248 - 389	23 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	248 - 389	23 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	248 - 389	23 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	248 - 389	23 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	E	248 - 389	23 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	F	248 - 389	23 - 162

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.241 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.16

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