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万見
- PDB-2wq5: Non-antibiotic properties of tetracyclines: structural basis for ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wq5
タイトルNon-antibiotic properties of tetracyclines: structural basis for inhibition of secretory phospholipase A2.
要素PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC
キーワードHYDROLASE / MINOCYCLINE / PHOSPHOLIPASE / METAL-BINDING / LIPID DEGRADATION / CALCIUM BINDING LOOP / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MIY / Acidic phospholipase A2 2
類似検索 - 構成要素
生物種NAJA NAJA (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dalm, D. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Non-Antibiotic Properties of Tetracyclines: Structural Basis for Inhibition of Secretory Phospholipase A(2).
著者: Dalm, D. / Palm, G.J. / Aleksandrov, A. / Simonson, T. / Hinrichs, W.
履歴
登録2009年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9504
ポリマ－13,3561
非ポリマー5943
水3,009167
1
A: PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,84912
ポリマ－40,0683
非ポリマー1,7819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
Buried area7220 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.712, 68.712, 68.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CA

21A-2005-

HOH

31A-2006-

HOH

41A-2011-

HOH

51A-2165-

HOH

61A-2166-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2, ACIDIC / PHOSPHOLIPASE A2 / PHOSPHATIDYLCHOLINE 2- ACYLHYDROLASE


分子量: 13356.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NAJA NAJA (コブラ) / 器官: VENOM SACK / 参照: UniProt: P15445, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE / ミノサイクリン


分子量: 457.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O7 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN PURIFIED FROM NATURAL SOURCE. CONFLICTS BELOW ARE REPORTED AS NATURAL VARIANTS BY THIS AUTHOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 26% PEG 4000, 0.24M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.4 Å / Num. obs: 13314 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A3D

1a3d


解像度: 1.65→34.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.895 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 638 4.8 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 12547 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数925 0 39 167 1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4592.0061387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.0171617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7495122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66724.37548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96315149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.062155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.5615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2431.5250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2642961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8373471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5174.5426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 46 -
Rwork0.26 899 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1026-0.5902-0.98362.01240.36383.26760.1271-0.21610.26360.042-0.0248-0.0981-0.07030.2953-0.10230.0135-0.0170.01250.0249-0.0023-0.0346-8.19285.39323.5886
20.76590.8689-2.5222.7678-2.54168.36220.2596-0.10490.31730.76390.09740.2581-0.85870.003-0.35710.16910.04990.09410.0194-0.00740.0042-4.981812.792216.3823
312.27095.93415.85145.70495.352617.42010.2052-0.17380.4386-0.33730.23680.8938-1.0169-1.1283-0.4420.03760.05960.07170.07280.07660.099-12.199411.36358.017
44.15061.8306-2.87251.2356-1.1052.1294-0.07060.40220.128-0.09190.09770.0506-0.0003-0.2323-0.0270.03570.0078-0.00810.06280.00930.0103-10.14064.63176.7527
54.8498-0.06660.77081.2496-0.39622.67080.0288-0.2268-0.27420.1132-0.02930.05140.15770.01260.00040.0206-0.00610.022-0.02740.0095-0.0079-17.4744-1.903621.697
61.7990.4184-1.19650.7792-0.78392.05020.11340.02290.05480.0443-0.0535-0.008-0.10510.0527-0.05990.01470.02550.0149-0.0232-0.0114-0.0309-7.10677.737711.2511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3A27 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4A33 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5A54 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6A84 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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