[日本語] English
万見
- PDB-3szs: Crystal structure analysis of hellethionin D -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3szs
タイトルCrystal structure analysis of hellethionin D
要素Hellethionin-D
キーワードTOXIN / MR-SAD / gamma thionin / plant defense / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / defense response to fungus / toxin activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helleborus purpurascens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement SAD / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Thorn, A. / Uson, I. / Eduardo, C. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Hellethionin D
著者: Thorn, A. / Uson, I. / Eduardo, C. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hellethionin-D
B: Hellethionin-D
C: Hellethionin-D
D: Hellethionin-D
E: Hellethionin-D
F: Hellethionin-D
G: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,01659
ポリマ－34,4097
非ポリマー1,60752
水6,810378
1
A: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0917
ポリマ－4,9161
非ポリマー1756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9743
ポリマ－4,9161
非ポリマー582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9873
ポリマ－4,9161
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0455
ポリマ－4,9161
非ポリマー1294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,45618
ポリマ－4,9161
非ポリマー54017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1629
ポリマ－4,9161
非ポリマー2468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Hellethionin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,30214
ポリマ－4,9161
非ポリマー38613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.829, 129.829, 103.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-42-

SER

21D-52-

NA

31D-53-

CL

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Hellethionin-D


分子量: 4915.618 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helleborus purpurascens (植物) / 組織: root and root stock / 参照: UniProt: P60057
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium iodide, 0.1 M Tris, pH 7.0, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 1.9 M sodium chloride, protein solution was 45 mg/mL in HEPES diffusion, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9540,1.900
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日
放射モノクロメーター: DOUBLE LAYER MIRROR SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
21.91
反射解像度: 1.95→91.8 Å / Num. all: 32601 / Num. obs: 32570 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 45.9 % / Biso Wilson estimate: 22.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1224 / Rsym value: 0.1224 / Net I/σ(I): 38.36
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 16.75 % / Rmerge(I) obs: 0.4054 / Mean I/σ(I) obs: 38.36 / Num. unique all: 4446 / Rsym value: 0.4054 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER/ SHELXC/D/E / ARCIMBOLDO位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement SAD
開始モデル: PDB ENTRY 1NBL

1nbl


解像度: 1.95→91.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.213 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS-REFINEMENT WITH EACH POLYPEPTIDE AS ONE DOMAIN (7 TOTAL) AND ADDITIONAL ISOTROPIC REFINEMENT OF EACH ATOM. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1622 5.1 %SHELLS
Rwork0.19 ---
obs0.192 31827 97.6 %-
all-32601 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å20 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3---4.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→91.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 52 378 2752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1311.9413284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86633876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2375313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.75821.66784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.50715362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7891521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.51594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.5632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75622599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3013808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0264.5685
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 187 -
Rwork0.231 2193 -
obs-2394 99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
123.11194.31311.11962.82640.54690.7696-0.82072.06732.8262-0.45090.55290.6679-0.29380.09410.26780.2853-0.0795-0.13270.36110.26730.398572.67844.50212.095
21.0416-0.34950.37420.78090.60732.11460.09290.0279-0.10020.1054-0.0497-0.09160.18710.0308-0.04320.1664-0.0123-0.01640.1387-0.00540.110676.58818.2268.579
33.54720.24052.06231.965-0.22015.8462-0.13160.22540.08430.05790.07280.0196-0.3250.35180.05880.181-0.07370.03430.1593-0.00310.049182.13233.5650.454
42.311-0.15131.2397.075-0.43171.35380.04690.1021-0.1331-0.1770.0443-0.51280.22660.136-0.09120.16170.0110.01910.1245-0.03180.099575.6019.508-7.679
51.3596-1.01950.02951.58-0.70221.0687-0.0147-0.1327-0.01090.2987-0.0670.09690.00640.04820.08170.3416-0.0510.0220.27210.00530.147283.02129.94125.996
62.99770.8096-0.04455.4396-2.09072.69030.0205-0.28090.24310.22810.0566-0.070.0327-0.088-0.07710.159-0.0204-0.00180.1301-0.00110.078892.64246.19518.928
72.68060.27570.24961.80620.31070.62840.0746-0.3428-0.06720.2176-0.03170.04910.049-0.0403-0.04280.16140.01560.01170.20230.01380.063361.08828.0918.19
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 46

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る