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- PDB-1qk7: Solution structure of Selenocosmia huwena lectin-I(SHL-I) by 2D-NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qk7
タイトルSolution structure of Selenocosmia huwena lectin-I(SHL-I) by 2D-NMR
要素SELENOCOSMIA HUWENA LECTIN-I
キーワードLECTIN / SELENOCOSMIA HUWENA / SHL-I / CYSTINE KNOT
機能・相同性Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / carbohydrate binding / extracellular region / U5-theraphotoxin-Hs1a 1
機能・相同性情報
生物種SELENOCOSMIA HUWENA (クモ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Lu, S. / Liang, S. / Gu, X.
引用
ジャーナル: J.Protein Chem. / 年: 2000
タイトル: Three Dimensional Structure of Selenocosmia Huwena Lectin-I (Shl-I) from the Venom of the Spider Selenocosmia Huwena by 2D-NMR
著者: Lu, S. / Liang, S. / Gu, X.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1995
タイトル: A Lectin-Like Peptide Isolated from the Venom of the Chinese Bird Spider Selenocosmia Huwena
著者: Liang, S. / Pan, X.
履歴
登録1999年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SELENOCOSMIA HUWENA LECTIN-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5491
ポリマ－3,5491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100STEREOCHEMICAL ENERGY AND THE RESULT OF PROCHECK
代表モデルモデル #8

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SELENOCOSMIA HUWENA LECTIN-I


分子量: 3549.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SELENOCOSMIA HUWENA (クモ) / 器官: VENOM GLAND / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: Q86C51*PLUS
構成要素の詳細THE STRUCTURE OF SHL-I CONSISTS OF A THREE STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET AND THREE TURNS.THE ...THE STRUCTURE OF SHL-I CONSISTS OF A THREE STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET AND THREE TURNS.THE THREE DISULFIDE BRIDGES AND THREE STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET FORM A INHIBITOR CYSTINE KNOT MOTIF.THE C-TERMINAL FRAGMENT FROM LEU28 - TRP32 ADOPTS TWO SET OF CONFORMATIONS CORRESPONDING TO THE CIS(MODELS 11-20) AND TRANS(MODELS 1-10) CONFORMATIONS OF PRO31.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
NMR実験の詳細Text: BEST PROCHECK RESULT. NULL

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REQUIRE DIFFERENCES IN THE MODELS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STEREOCHEMICAL ENERGY AND THE RESULT OF PROCHECK
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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