PDB-1e8l: NMR solution structure of hen lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1e8l

タイトル

NMR solution structure of hen lysozyme

要素

LYSOZYME

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Schwalbe, H. / Grimshaw, S.B. / Spencer, A. / Buck, M. / Boyd, J. / Dobson, C.M. / Redfield, C. / Smith, L.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: A refined solution structure of hen lysozyme determined using residual dipolar coupling data.
著者: Schwalbe, H. / Grimshaw, S.B. / Spencer, A. / Buck, M. / Boyd, J. / Dobson, C.M. / Redfield, C. / Smith, L.J.

履歴

登録	2000年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2000年10月9日	ID: 1HWA
改定 1.0	2000年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1e8l.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1e8l.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1e8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	193l 194l 1a2y 1aki 1at5 1at6 1azf 1b0d 1bvx 1bwh 1bwi 1bwj 1c08 1c10 1dpw 1dpx 1dqj 1f0w 1f10 1jpo 1kip 1kiq 1kir 1kxw 1kxx 1kxy 1lcn 1lkr 1lks 1lpi 1lyo 1lz8 1lzn 1mel 1qtk 1rfp 1uco 1uia 1uib 1uic 1uid 1uie 1uif 1uig 1uih 1xei 1xej 1xek 2lyo 3lyo 3lzt 4lyo 4lzt
類似構造データ	1hfx-d 1gb6-d 1lz4-d 4j7v-d 1gf7-d 6qq3-d 1xni-5 1gbo-d 2bqk-d 4z98-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSOZYME

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	50 / 300	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #49

#1: タンパク質	LYSOZYME 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 細胞内の位置: EGG WHITE / 発現宿主: ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株 (発現宿主): TRANSFORMANT B1 / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HNCA
1	2	1	HNCO
1	3	1	(H)CCH-TOCSY
1	4	1	13C NOESY-HMQC
1	5	1	(H)CCH-COSY
1	6	1	15N NOESY-HMQC
1	7	1	HMQCJ
1	8	1	(H)CCH-E.COSY
1	9	1	15N HSQC

NMR実験の詳細

Text: NOE DATA FROM EXPERIMENTS ON 13C,15N-LABELED SAMPLE. STRUCTURES REFINED USING 209 RESIDUAL 1H-15N DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS FROM MEASUREMENTS MADE IN TWO DIFFERENT LIQUID CRYSTALLINE PHASES.

-
試料調製

試料状態	pH: 3.8 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Home-built home built	Home-built	home built	500	1
Home-built home built	Home-built	home built	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS OF THE NMR DATA USED IN THE STRUCTURE CALCULATIONS ARE AS FOLLOWS NUMBER OF RESTRAINTS NOE DISTANCE RESTRAINTS 1632 HYDROGEN BOND RESTRAINTS 60 DIHEDRAL ANGLE PHI RESTRAINTS 51 ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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