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- PDB-1e3q: TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH BW284C51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e3q
タイトルTORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEXED WITH BW284C51
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / SERINE HYDROLASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EBW / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種TORPEDO CALIFORNICA (エイ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Felder, C.E. / Harel, M. / Silman, I. / Sussman, J.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of a Complex of the Potent and Specific Inhibitor Bw284C51 with Torpedo Californica Acetylcholinesterase
著者: Felder, C.E. / Harel, M. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Structure of Acetylcholinesterase Complexed with E2020 (Aricept): Implications for the Design of New Anti-Alzheimer Drugs
著者: Kryger, G. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Quaternary Ligand Binding to Aromatic Residues in the Active-Site Gorge of Acetylcholinesterase
著者: Harel, M. / Schalk, I. / Ehret-Sabattier, L. / Bouet, F. / Goeldner, M. / Hirth, C. / Axelsen, P.H. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録2000年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32017年7月12日Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat / Item: _database_PDB_caveat.text
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4916
ポリマ－61,3251
非ポリマー1,1665
水2,306128
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,98312
ポリマ－122,6502
非ポリマー2,33310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3560 Å2
ΔGint-29.6 kcal/mol
Surface area41230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.000, 114.000, 138.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THE ENZYME IS A GPI-ANCHORED DIMER. THE TWO MONOMERS IN THE DIMER ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLDSYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE


分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TORPEDO CALIFORNICA (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-EBW / 4-(5-{4-[DIMETHYL(PROP-2-ENYL)AMMONIO]PHENYL}-3-OXOPENTYL)-N,N-DIMETHYL-N-PROP-2-ENYLBENZENAMINIUM / [3-オキソ-1,5-ペンタンジイルビス(4,1-フェニレン)]ビス(アリルジメチルアミニウム)


分子量: 406.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N2O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.80
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sussman, J.L., (1991) Science, 253, 872.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 mg/mlprotein1drop
261 %satammonium sulfate1reservoir
3360 mMNa,K-phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MULTIWIRE XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→30 Å / Num. obs: 48244 / % possible obs: 77.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rsym value: 0.104
反射 シェル解像度: 2.83→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 47
反射
*PLUS
Num. obs: 22837 / Num. measured all: 36141 / Rmerge(I) obs: 0.104
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47 % / Rmerge(I) obs: 0.286

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


解像度: 2.85→18.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 8544140.69 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SEVERAL RESIDUES ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, DUE TO DISORDER. THESE INCLUDE ASP 1, ASP 2 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR 535.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1110 4.9 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 22783 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.655 Å2 / ksol: 0.329151 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å211.37 Å20 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3----8.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.02 Å0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→18.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4244 0 77 128 4449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 114 5.1 %
Rwork0.386 2117 -
obs--55.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BW.PARCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMBW.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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