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Structure paper

タイトルCombining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
ジャーナル・号・ページPlos One, Vol. 8, Page e53851-e53851, Year 2013
掲載日2008年5月18日 (構造データの登録日)
著者Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. ...Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
リンクPlos One / PubMed:23382856
手法X線回折
解像度1.35 - 2.65 Å
構造データ

PDB-3d63:
Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Burkholderia pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3dah:
2.3 A crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase from Burkholderia pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3eiz:
Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from burkholderia pseudomallei, H32 crystal form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-3ej2:
Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from burkholderia pseudomallei with bound 5-amino-1-(4-chlorophenyl)-1h-pyrazole-4-carbonitrile, H32 crystal form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-3ek2:
Crystal structure of eonyl-(acyl carrier protein) reductase from burkholderia pseudomallei 1719b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3ezo:
Crystal structure of acyl-carrier-protein s-malonyltransferase from burkholderia pseudomallei 1710b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3f0f:
Co-crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with hydrolyzed CDP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-3ftp:
Crystal structure of 3-Ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Burkholderia pseudomallei at 2.05 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3gk0:
Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-3gk3:
Crystal structure of acetoacetyl-CoA reductase from Burkholderia pseudomallei 1710b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3gvf:
1.7 Angstrom crystal structure of inorganic pyrophosphatase from burkholderia pseudomallei bound with phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3gwa:
1.6 Angstrom crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-3gwe:
2.1 Angstrom crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3iml:
Crystal Structure Of S-Adenosylmethionine Synthetase From Burkholderia Pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-3sz8:
Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3t4c:
Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia ambifaria
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3tml:
Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia cenocepacia
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3tmq:
Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia pseudomallei in complex with D-arabinose-5-phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3txy:
Structure of an Isochorismatase family protein (BTH_II2229) from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3u7j:
Crystal structure of Ribose-5-phosphate isomerase A from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3ue9:
Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase (AMPSase) (purA) from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3uk1:
Crystal structure of a transketolase from Burkholderia thailandensis with an oxidized cysteinesulfonic acid in the active site
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-3uk2:
The structure of Pantothenate synthetase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-3und:
Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3upt:
Crystal structure of a transketolase from Burkholderia pseudomallei bound to TPP, calcium and ribose-5-phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3urr:
Structure of PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN (BTH_I0484) (ptsN)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.397 Å

PDB-3uw1:
Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase a from burkholderia thailandensis with ribose-5-phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-3uw2:
X-ray Crystal Structure of Phosphoglucomutase/phosphomannomutase family protein (BTH_I1489)from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3uw3:
Crystal Structure of an Aspartate-Semialdehyde Dehydrogenase from Burkholderia Thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-3v2i:
Structure of a Peptidyl-tRNA hydrolase (PTH) from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-3v7n:
Crystal structure of Threonine synthase (thrC) from from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-3v8h:
Crystal structure of Thymidylate Synthase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-3v9o:
Crystal structure of Dihydroneopterin aldolase (BTH_I0291) from Burkholderia thailendensis bound to guanine.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.451 Å

PDB-3v9p:
Crystal structure of Thymidylate kinase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3vav:
Crystal structure of 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-4ddo:
Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase ii from burkholderia vietnamiensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-4dfe:
Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III from Burkholderia xenovorans
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-4dhe:
Crystal structure of a probable GTP-binding protein engB from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-4dhk:
Crystal structure of a deoxycytidine triphosphate deaminase (dCTP deaminase) from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-4dut:
The structure of nucleoside diphosphate kinase (NDK) from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-4dz4:
X-ray crystal structure of a hypothetical Agmatinase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-4e4t:
Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit from Burkholderia ambifaria
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-4efi:
Crystal Structure of 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) Synthase from Burkholderia Xenovorans LB400
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-4eg0:
Crystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Burkholderia ambifaria
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-4egj:
Crystal structure of D-alanine-D-alanine ligase from Burkholderia xenovorans
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-4ek2:
The structure of nucleoside diphosphate kinase (NDK) from Burkholderia thailandensis bound to deoxyadenosine monophosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-4eqy:
Crystal structure of Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-4ewg:
Crystal structure of a Beta-ketoacyl synthase from Burkholderia phymatum STM815
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-4exq:
CRYSTAL STRUCTURE of UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE (UPD) FROM BURKHOLDERIA THAILANDENSIS E264
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-4f2g:
The Crystal Structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burkholderia thailandensis E264
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-4f32:
Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II from Burkholderia vietnamiensis in complex with platencin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-4f3n:
High resolution native crystal structure of an uncharacterized ACR, COG1565 superfamily protein from Burkholderia thailandensis, solved by iodide ion SAD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-4f3y:
X-Ray Crystal Structure of Dihydrodipicolinate reductase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-4f4h:
Crystal structure of a Glutamine dependent NAD+ synthetase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-4f7d:
Crystal structure of ferredoxin-NADP reductase from burkholderia thailandensis E264
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-4fk8:
Crystal structure of FERREDOXIN-NADP REDUCTASE from burkholderia thailandensis E264 with bound FAD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-4fry:
The structure of a putative signal-transduction protein with CBS domains from Burkholderia ambifaria MC40-6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-4g1k:
Crystal structure of triosephosphate isomerase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-4g67:
Crystal structure of a COG1565 superfamily member and likely methyl transferase from Burkholderia thailandensis bound to S-adenosyl-homocysteine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-4ghk:
X-ray Crystal Structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase from Burkholderia thailandensis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-4h3y:
Crystal structure of an asymmetric dimer of a tRNA (guanine-(N(1)-)-methyltransferase from Burkholderia phymatum bound to S-adenosyl homocystein in one half-site
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-4h3z:
Crystal structure of a symmetric dimer of a tRNA (guanine-(N(1)-)-methyltransferase from Burkholderia phymatum bound to S-adenosyl homocystein in both half-sites
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-4h4g:
Crystal Structure of (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase from Burkholderia thailandensis E264
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM / アデニル酸

ChemComp-928:
5-amino-1-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile / 1-(4-クロロフェニル)-5-アミノ-1H-ピラゾ-ル-4-カルボニトリル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-C5P:
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸

ChemComp-DXP:
1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / 1-デオキシ-D-キシルロ-ス5-りん酸 / 1-デオキシ-D-キシルロース-5-リン酸

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-A5P:
ARABINOSE-5-PHOSPHATE / D-アラビニト-ル5-りん酸

ChemComp-NO3:
NITRATE ION / 硝酸塩

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MLT:
D-MALATE / D-りんご酸 / リンゴ酸

ChemComp-PEP:
PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸

ChemComp-KD0:
3-deoxy-8-O-phosphono-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-デオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸8-りん酸

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸

ChemComp-RP5:
5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / β-D-リボフラノ-ス5-りん酸

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物

ChemComp-R5P:
RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸 / リボース-5-リン酸

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

ChemComp-MLA:
MALONIC ACID / マロン酸 / マロン酸

ChemComp-BO3:
BORIC ACID / ほう酸 / ホウ酸

ChemComp-GUN:
GUANINE / グアニン / グアニン

ChemComp-MRD:
(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-UNK:
UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-DA:
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP / dAMP*YM / デオキシアデノシン一リン酸

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール

ChemComp-N32:
2,4-dihydroxy-3-({3-[(2S,4aS,8S,8aR)-8-methyl-3-methylidene-7-oxo-1,3,4,7,8,8a-hexahydro-2H-2,4a-ethanonaphthalen-8-yl]propanoyl}amino)benzoic acid / プラテンシン

ChemComp-UNX:
Unknown entry

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン

由来
  • burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
  • burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
  • burkholderia ambifaria (バクテリア)
  • burkholderia cenocepacia (バクテリア)
  • burkholderia thailandensis (バクテリア)
  • burkholderia thailandensis e264 (バクテリア)
  • burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
  • burkholderia xenovorans (バクテリア)
  • burkholderia phymatum (バクテリア)
  • streptomyces platensis (バクテリア)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / SSGCID / pyrophosphatase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / TRANSFERASE (転移酵素) / BURKHOLDERIA (バークホルデリア属) / PSEUDOMALLEI / RIBOSE (リボース) / PHOSPHATE (リン酸塩) / PYROPHOSPHOKINASE / Magnesium (マグネシウム) / Metal binding (金属) / Nucleotide biosynthesis / BupsA.00023.a / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / enoyl-(acyl carrier protein) reductase / ACYL-CARRIER-PROTEIN S-MALONYLTRANSFERASE / BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / LYASE (リアーゼ) / NIAID / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / 3-KETOACYL-(ACYL-CARRIER-PROTEIN) REDUCTASE / deCODE / SBRI / Pyridoxine biosynthesis / acetoacetyl-Co reductase / inorganic pyrophosphatase (無機ピロホスファターゼ) / acyl carrier protein / synthetase / FabH / S-adenosylmethionine synthetase / ATP-binding / Cobalt (コバルト) / Nucleotide-binding / One-carbon metabolism / Potassium (カリウム) / aldolase barrel / UNKNOWN FUNCTION / Isochorismatase family protein / ISOMERASE (異性化酵素) / LIGASE (リガーゼ) / AdSS / BTH_I2245 / IMP-aspartate ligase / thiamine pyrophosphate (チアミンピロリン酸) / ribose-5-phosphate (リボース-5-リン酸) / pentose phosphate pathway (ペントースリン酸経路) / Calvin cycle (カルビン回路) / AMP / Pantothenate synthetase / TPP / calcium-dependent / co-factor / e pentose phosphate pathway / tkt / Ribose isomerase (リボースイソメラーゼ) / Phosphoglucomutase / Phosphorylation (リン酸化) / S109 / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / dehydrogenase (脱水素酵素) / RNA (リボ核酸) / Peptidyl-tRNA hydrolase / Thymidylate synthase / Dihydroneopterin aldolase (ジヒドロネオプテリンアルドラーゼ) / Dihydroneopterin / Thymidylate kinase / Burkholderia thailandensis / Burkolderia thailandensis / melioidosis (類鼻疽) / Ketopantoate hydroxymethyltransferase (KPHMT) / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE II / CELL CYCLE (細胞周期) / RAS-like GTPase / cell division (細胞分裂) / septation / GTP-binding / deaminase (脱アミノ) / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Agmatinase (アグマチナーゼ) / purine biosynthesis (プリン代謝) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / ACAIR / CAIR / D-alanine-D-alanine ligase (D-アラニル-D-アラニンリガーゼ) / dAMP / beta helix (Βヘリックス) / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / NIH / URO-D / HEME BIOSYNTHESIS (ヘム) / carbamoyltransferase / Transferase/Antibiotic / platencin / Transferase-Antibiotic complex / iodide ion phasing / SAD / methyltransferase superfamily / putative uncharacterize protein / similar fold to 1zkd / Dihydrodipicolinate reductase (ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ) / NAD/NADH / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / FERREDOXIN-NADP REDUCTASE (フェレドキシン-NADP+レダクターゼ) / SIGNALING PROTEIN / CBS domain (CBSドメイン) / Putative signal-transduction protein / TIM barrel (TIMバレル) / tpiA / D-glyceraldehyde 3-phosphate / glycerone phosphate / gluconeogenesis (糖新生) / glycolysis (解糖系) / S-adenosyl methionine (S-アデノシルメチオニン) / SAM / AdoMet (S-アデノシルメチオニン) / SAH / AdoHcy (S-アデノシル-L-ホモシステイン) / natural inhibitor / candidate essential gene / Gamma-glutamyl phosphate reductase / trmD / M1G-methyltransferase / G37 methyltransferase / S-adenosyl-methionine (S-アデノシルメチオニン) / S-adenosyl-homocysteine / tRNA modification / proteobacteria / nitrogen fixation (窒素固定) / food pathogen / domain swapped homodimer / tRNA methylation / m1G37 methylation / food parasite / Lipid A biosynthesis / Lipid synthesis (脂質代謝) / hydrolyase enzyme

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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