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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ju0 | ||||||
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タイトル | Mouse antibody 3.3 Fab in complex with PEG | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody Fab / influenza hemagglutinin / complex structure / specific binding | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Chem-PE3 / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Wang, A.H.J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of polyethylene glycol recognition by antibody. 著者: Lee, C.C. / Su, Y.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Yang, C.Y. / Chang, S.S. / Roffler, S.R. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ju0.cif.gz | 354.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ju0.ent.gz | 285.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ju0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6ju0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6ju0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 8分子 HIJKLMNO
#1: 抗体 | 分子量: 23691.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (レンチウイルス属) #2: 抗体 | 分子量: 23296.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (レンチウイルス属) |
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-非ポリマー , 5種, 833分子
#3: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-TOE / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, 2-propanol, PEG 2000 MME, Ni-citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 64434 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6420 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.361 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3W9D 解像度: 2.601→24.503 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.601→24.503 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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