PDB-5zpe: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpe

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

SPLICING / COPPER AMINE OXIDASE /

TOPAQUINONE (トパキノン) / TPQ /

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

: / : /

一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process /

quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.689 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpe.cif.gz	513.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpe.ent.gz	416.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp9-d 5zpo-2 5zpp-2 5zpc-d 2cwv-d 5zp1-2 1iu7-d 5zou-d 5zp3-1 1avl-1 3x41-d 5zpp-1 2zl8-d 5zps-1 3x40-2 5zpb-d 5zpi-d 3x3x-2 5zoy-2 5zpg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.558, 64.465, 158.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1313- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, 一級アミンオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 187451 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 3.832 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 780650

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	4.1	0.646	9081	0.807	0.361	0.741	0.949	95.4
1.73-1.76	4.2	0.576	9240	0.849	0.32	0.66	0.977	95.7
1.76-1.79	4.2	0.468	9134	0.896	0.26	0.537	1.023	95.9
1.79-1.83	4.2	0.401	9201	0.919	0.222	0.459	1.079	96
1.83-1.87	4.2	0.339	9199	0.938	0.188	0.388	1.107	96.1
1.87-1.91	4.2	0.278	9286	0.958	0.154	0.319	1.214	96.3
1.91-1.96	4.2	0.236	9319	0.971	0.131	0.27	1.323	96.5
1.96-2.02	4.2	0.197	9257	0.977	0.109	0.226	1.438	96.7
2.02-2.07	4.2	0.177	9268	0.978	0.098	0.203	1.575	96.8
2.07-2.14	4.2	0.165	9334	0.976	0.091	0.189	1.747	96.9
2.14-2.22	4.2	0.146	9377	0.98	0.081	0.168	1.955	97.3
2.22-2.31	4.2	0.133	9342	0.986	0.074	0.153	1.976	97.3
2.31-2.41	4.2	0.123	9430	0.988	0.068	0.141	2.178	97.6
2.41-2.54	4.2	0.116	9410	0.988	0.064	0.133	2.474	97.8
2.54-2.7	4.2	0.106	9493	0.989	0.059	0.121	2.736	97.9
2.7-2.91	4.2	0.094	9460	0.99	0.052	0.107	3.655	98.3
2.91-3.2	4.2	0.084	9561	0.991	0.046	0.096	5.263	98.4
3.2-3.66	4.1	0.076	9569	0.989	0.042	0.086	8.273	98.8
3.66-4.61	4.1	0.07	9657	0.993	0.038	0.08	14.063	98.8
4.61-50	4	0.064	9833	0.989	0.035	0.073	21.399	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.689→40.411 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1727	9442	5.05 %
R_work	0.1512	177676	-
obs	0.1523	187118	95.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.81 Å² / B_iso mean: 25.4891 Å² / B_iso min: 8.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.689→40.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	8	960	10704
B_iso mean	-	-	25.77	38.3	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	13782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.098	5971

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6894-1.7085	0.2993	205	0.2879	3721	3926	61
1.7085-1.7287	0.2909	338	0.2528	5877	6215	96
1.7287-1.7497	0.267	306	0.2343	5826	6132	95
1.7497-1.7719	0.2361	325	0.2229	5856	6181	96
1.7719-1.7952	0.2457	312	0.2158	5920	6232	96
1.7952-1.8198	0.2313	329	0.2057	5842	6171	96
1.8198-1.8458	0.2307	300	0.2043	5957	6257	96
1.8458-1.8733	0.2278	285	0.1846	5885	6170	96
1.8733-1.9026	0.2112	308	0.1831	5943	6251	96
1.9026-1.9338	0.2016	293	0.1763	5938	6231	96
1.9338-1.9671	0.1949	350	0.1704	5921	6271	96
1.9671-2.0029	0.1876	313	0.1554	5938	6251	96
2.0029-2.0414	0.1905	332	0.1557	5970	6302	97
2.0414-2.0831	0.17	326	0.1546	5945	6271	97
2.0831-2.1284	0.1918	301	0.1545	5939	6240	97
2.1284-2.1779	0.181	315	0.1498	5994	6309	97
2.1779-2.2324	0.1674	314	0.1494	6001	6315	97
2.2324-2.2927	0.1794	313	0.1461	6036	6349	97
2.2927-2.3602	0.1745	298	0.1506	6008	6306	97
2.3602-2.4363	0.188	308	0.1548	6036	6344	97
2.4363-2.5234	0.1939	308	0.163	6037	6345	98
2.5234-2.6244	0.1897	327	0.1656	6098	6425	98
2.6244-2.7438	0.1832	316	0.1642	6040	6356	98
2.7438-2.8885	0.1803	305	0.1592	6108	6413	98
2.8885-3.0694	0.1702	340	0.1574	6103	6443	98
3.0694-3.3063	0.1768	332	0.1451	6079	6411	98
3.3063-3.6388	0.1403	348	0.1275	6133	6481	99
3.6388-4.1649	0.1259	336	0.11	6133	6469	99
4.1649-5.2455	0.117	366	0.1037	6163	6529	98
5.2455-40.4225	0.1633	293	0.1471	6229	6522	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9775	-0.4686	-1.1065	2.6628	0.0366	1.4584	0.0789	-0.1356	0.0088	0.3111	-0.1557	0.2144	-0.1309	-0.3427	0.0033	0.2316	-0.0314	0.0688	0.3794	-0.0823	0.1713	-49.1809	5.2261	-0.9114
2	1.8581	-0.2708	0.1024	0.464	0.1483	0.703	0.0008	-0.5679	0.0748	0.2426	-0.0385	0.0363	0.02	-0.0559	0.0666	0.2787	-0.0689	0.0288	0.3924	0.0068	0.1925	-32.9048	-2.3489	4.366
3	0.9519	-0.0351	0.0694	0.2693	-0.0379	0.8989	0.0059	-0.2927	0.032	0.0838	-0.0078	-0.0151	-0.151	-0.0312	0.0047	0.17	-0.025	-0.0033	0.1786	-0.0307	0.1338	-27.4603	4.0103	-12.7722
4	0.3704	0.1134	0.033	0.2635	-0.0077	1.0364	0.0297	-0.1044	-0.0182	0.0394	-0.024	0.0091	-0.0132	-0.1405	-0.0057	0.1	-0.0069	0.0017	0.1288	-0.0011	0.1213	-37.1068	-3.5516	-24.9303
5	1.1984	-0.0084	0.3295	0.2599	0.0264	1.0717	-0.0117	-0.0436	0.0744	0.0019	-0.0134	0.0037	-0.1021	-0.113	0.0252	0.1093	-0.0009	-0.0001	0.0946	-0.0123	0.1327	-34.9696	1.2777	-31.0815
6	0.8658	0.2798	-0.634	3.458	0.1446	2.6751	0.04	0.0138	-0.0023	-0.0463	-0.0533	-0.1498	-0.0266	0.2955	0.0242	0.113	-0.0298	0.0354	0.1364	0.0413	0.1414	-11.3943	7.4566	-69.4979
7	0.3895	-0.0219	-0.032	0.2158	-0.0308	0.9514	0.0111	0.0168	0.004	-0.0291	-0.0026	0.0018	-0.0693	0.0037	-0.0033	0.1144	-0.0013	-0.0003	0.0625	-0.0057	0.1339	-26.615	-0.0415	-51.1995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 124 )	A	73 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 277 )	A	125 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 278 through 581 )	A	278 - 581
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 582 through 628 )	A	582 - 628
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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