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- PDB-2x4g: Crystal structure of PA4631, a nucleoside-diphosphate-sugar epime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4g
タイトルCrystal structure of PA4631, a nucleoside-diphosphate-sugar epimerase from Pseudomonas aeruginosa
要素NUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE-SUGAR EPIMERASE
キーワードISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / catalytic activity / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Epimerase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE-SUGAR EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3671
ポリマ－37,3671
非ポリマー00
水75742
1
A: NUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE-SUGAR EPIMERASE

A: NUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE-SUGAR EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7332
ポリマ－74,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area1930 Å2
ΔGint-22.1 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.380, 83.380, 215.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE-SUGAR EPIMERASE


分子量: 37366.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HVG0
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 2.55M NACL, 0.1M HEPES PH 8 OR 2.9M NACL, 0.1M BICINE PH 8.5 AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 2 MG ML-1.CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED DIRECTLY IN THIS SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 18% GLYCEROL. ...詳細: 2.55M NACL, 0.1M HEPES PH 8 OR 2.9M NACL, 0.1M BICINE PH 8.5 AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 2 MG ML-1.CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED DIRECTLY IN THIS SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 18% GLYCEROL. CRYSTAL WAS SOAKED IN 20MM TRIMETHYLLEADCHLORIDE FOR APPROXIMATELY 5 MINUTES BEFORE BEING BACK SOAKED IN CRYO BUFFER

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→41.7 Å / Num. obs: 12600 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCDESOLVE RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.65→41.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 23.747 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUES 11 TO 83, 96 TO 280 AND 297 TO 340. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUES 11 TO 83, 96 TO 280 AND 297 TO 340. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25314 679 5.1 %RANDOM
Rwork0.21142 ---
obs0.21346 12600 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20.46 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 0 42 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9713169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84533886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3195299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40122.264106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.63515382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6311526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5641.51487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11122350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6913857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9454.5819
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.648→2.716 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 51 -
Rwork0.387 822 -
obs--90.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.5009 Å / Origin y: 9.3698 Å / Origin z: 126.2196 Å
111213212223313233
T0.1309 Å20.0521 Å2-0.0072 Å2-0.0783 Å2-0.0608 Å2--0.0783 Å2
L1.2212 °20.3338 °2-0.0037 °2-1.5707 °2-0.156 °2--1.0858 °2
S-0.0686 Å °0.1457 Å °-0.0627 Å °-0.189 Å °-0.0599 Å °-0.0075 Å °0.0414 Å °-0.0888 Å °0.1286 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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