PDB-2x7i: Crystal structure of mevalonate kinase from methicillin-resistant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x7i

タイトル

Crystal structure of mevalonate kinase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA252

要素

MEVALONATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Oke, M. / Yan, X. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x7i.cif.gz	127.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x7i.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x7i_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x7i_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	2x7i_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	2x7i_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1t8m-5 6hd4-2 3doj-d 5ggb-d 4nz6-2 3k5v-1 3qti-1 6cau-d 5u1e-d 1p2m-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEVALONATE KINASE

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.589, 94.589, 169.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2011- HOH
2	1	A-2051- HOH
3	1	A-2101- HOH

#1: タンパク質	MEVALONATE KINASE 分子量: 33115.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GJ78, UniProt: A0A7U7EU40*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 4.0, 3.6 M SODIUM CHLORIDE. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY ADDING 25% PEG400 INTO THE SCREEN SOLUTION.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→81.92 Å / Num. obs: 17784 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 50.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→81.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 14.053 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUE 2-306. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2573	967	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21105	-	-	-
obs	0.21335	17784	80.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.33 Å²	1.67 Å²	-0 Å²
2-	-	3.33 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→81.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2232	0	14	126	2372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.07	1.965	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.648	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.183	24.943	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.935	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.875	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.385	1.5	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.069	1.5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.742	2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.159	3	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.96	4.5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	52	-
R_work	0.34	781	-
obs	-	-	50.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5714	0.3087	0.7839	0.5991	0.2048	1.2014	0.0414	-0.1057	-0.2947	0.0463	0.0837	-0.1839	0.2989	0.1331	-0.1252	0.2102	0.0501	-0.0321	0.0452	-0.0007	0.1157	-23.955	19.845	28.112
2	5.1397	-2.3318	2.8499	2.8209	-1.7004	5.7969	-0.093	-0.4483	-0.2207	0.4289	0.0491	0.0057	-0.0554	-0.0522	0.0439	0.1724	-0.0026	-0.0361	0.0647	0.0341	0.0593	-27.737	16.555	34.749
3	97.5464	0.0004	-0.0134	36.4355	-0.0158	0.5474	-0.4386	-1.8322	6.4425	-0.6734	0.8639	0.2259	0.2791	-0.3676	-0.4253	0.2672	-0.1455	-0.1542	0.345	0.1086	0.6595	-29.55	27.153	21.131
4	2.8579	0.1763	0.9687	1.1132	0.6651	3.6867	0.034	-0.2153	-0.0326	0.0181	-0.0261	0.1353	0.2718	-0.1891	-0.0079	0.1246	0.0108	-0.0429	0.0482	0.0299	0.0867	-39.163	20.691	25.192
5	0.4018	-2.6643	1.0337	19.3385	-7.484	2.9277	0.1025	0.3461	0.9069	-0.826	-2.0922	-4.9821	0.2832	0.693	1.9898	0.5938	0.0342	0.1736	0.8514	0.7028	2.7636	-32.376	35.808	9.858
6	1.7442	-1.5554	-0.1534	4.6255	0.4199	6.7299	0.1107	0.2262	0.0446	-0.3463	0.0047	-0.0059	-0.1781	0.2131	-0.1153	0.1907	-0.0129	-0.1174	0.1083	0.0004	0.0942	-43.81	24.023	4.995
7	2.3198	-0.2953	0.6331	3.6079	1.0466	3.5451	0.1441	0.379	-0.3743	-0.3409	0.0116	-0.3103	0.3684	0.2618	-0.1557	0.2521	0.025	-0.0487	0.1362	-0.0607	0.1263	-33.092	15.588	5.52

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	99 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1307
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	121 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	184 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	204 - 257
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	258 - 306

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