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万見
- PDB-2x0o: Apo structure of the Alcaligin biosynthesis protein C (AlcC) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x0o
タイトルApo structure of the Alcaligin biosynthesis protein C (AlcC) from Bordetella bronchiseptica
要素ALCALIGIN BIOSYNTHESIS PROTEIN
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ALCALIGIN BIOSYNTHESIS / ADENYLATION / SIDEROPHORES / IRON ACQUISITION
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Johnson, K.A. / Schmelz, S. / Kadi, N. / Mcmahon, S.A. / Oke, M. / Liu, H. / Carter, L.G. / White, M.F. / Challis, G.L. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCALIGIN BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5286
ポリマ－70,0481
非ポリマー4805
水3,207178
1
A: ALCALIGIN BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子

A: ALCALIGIN BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,05712
ポリマ－140,0962
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-161.5 kcal/mol
Surface area41770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.667, 128.910, 48.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ALCALIGIN BIOSYNTHESIS PROTEIN / ALCC


分子量: 70047.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌)
プラスミド: PET-151/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P94255
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 1.4M MG-SULFATE, 0.1M NA-CACODYLATE, PH6.0, 0.1M LI-SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.000005
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 23068 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FFE

3ffe


解像度: 2.4→42.901 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1151 5 %
Rwork0.1817 --
obs0.1844 23068 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.938 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9078 Å2-0 Å20 Å2
2---9.5951 Å2-0 Å2
3---3.6873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 0 25 178 4834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7256519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.091713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4005-2.50970.28421620.21942627X-RAY DIFFRACTION97
2.5097-2.6420.29511330.21842753X-RAY DIFFRACTION99
2.642-2.80750.27641390.20562728X-RAY DIFFRACTION99
2.8075-3.02430.28551160.2082786X-RAY DIFFRACTION99
3.0243-3.32850.23941710.192686X-RAY DIFFRACTION99
3.3285-3.80990.25471380.17022748X-RAY DIFFRACTION98
3.8099-4.7990.1861370.14012772X-RAY DIFFRACTION97
4.799-42.90810.18671550.17212817X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4599-0.1287-0.06010.5260.42660.3274-0.0146-0.0295-0.0956-0.0178-0.02860.23020.0996-0.09450.02630.0672-0.0423-0.01110.07270.01280.108519.6274-7.14084.3116
20.6875-0.4688-0.00340.8141-0.32410.2019-0.0117-0.2024-0.03140.04820.0495-0.03-0.0394-0.0147-0.01930.0735-0.003-0.01890.08870.0090.064626.84413.940316.2712
31.33550.0880.15830.6460.11420.6317-0.0521-0.05170.0564-0.03320.0216-0.02180.0091-0.02130.01990.0455-0.0059-0.00340.0453-0.01390.013246.280718.593921.7203
41.0775-0.5650.15410.4944-0.0050.0398-0.03310.2260.19490.0051-0.055-0.1634-0.0783-0.00340.05430.0420.00230.00650.06370.00460.079138.26826.353310.8614
50.5441-0.320.1190.9731-0.37070.54880.0003-0.00490.0652-0.1045-0.02650.01990.08470.01870.01730.070.0217-0.01450.0830.00930.041817.78121.22764.7397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 7:116)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 117:173)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 174:320)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 321:385)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 386:601)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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