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- PDB-5o7o: The crystal structure of DfoC, the desferrioxamine biosynthetic p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7o
タイトルThe crystal structure of DfoC, the desferrioxamine biosynthetic pathway acetyltransferase/Non-Ribosomal Peptide Synthetase (NRPS)-Independent Siderophore (NIS) from the fire blight disease pathogen Erwinia amylovora
要素Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / siderophore biosynthesis / desferrioxamine / fire blight
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Acyltransferase MbtK/IucB-like, conserved domain / Siderophore biosynthesis protein domain / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter ...Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Acyltransferase MbtK/IucB-like, conserved domain / Siderophore biosynthesis protein domain / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / Acetyltransferase (GNAT) domain / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Acyl-CoA N-acyltransferase / Helix non-globular / Special / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia amylovora CFBP1430 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Salomone-Stagni, M. / Bartho, J.D. / Polsinelli, I. / Bellini, D. / Walsh, M.A. / Demitri, N. / Benini, S.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Autonomous Province of Bolzano イタリア
Free University of Bolzano イタリア
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: A complete structural characterization of the desferrioxamine E biosynthetic pathway from the fire blight pathogen Erwinia amylovora.
著者: Salomone-Stagni, M. / Bartho, J.D. / Polsinelli, I. / Bellini, D. / Walsh, M.A. / Demitri, N. / Benini, S.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
B: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
C: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
D: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,6284
ポリマ－359,6284
非ポリマー00
水7,656425
1
A: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
B: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,8142
ポリマ－179,8142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC
D: Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,8142
ポリマ－179,8142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.170, 156.350, 93.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Desferrioxamine siderophore biosynthesis protein dfoC


分子量: 89907.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DfoC N-terminal domain
由来: (組換発現) Erwinia amylovora CFBP1430 (バクテリア)
遺伝子: dfoC, EAMY_3240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4I247
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M TRIS-HCl, 0.2 M MgCl2, 0.06 M Ammonium citrate, 10% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→78.18 Å / Num. obs: 123387 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 3.4 % / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Num. unique obs: 9132

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x0o

2x0o


解像度: 2.11→78.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.851 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 6119 5 %RANDOM
Rwork0.22055 ---
obs0.2227 117229 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-4.14 Å2
2---3.38 Å2-0 Å2
3---4.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→78.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11584 0 0 425 12009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01911888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.93516147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04324857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85351433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28623.802597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.775151937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8731578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1895.0575756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1895.0575755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4337.5717181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4327.5717182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4315.2756132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4315.2766133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8987.8138967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.65958.40513227
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.64358.33713184
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 462 5 %
Rwork0.35 8668 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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