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- PDB-5o8p: The crystal structure of DfoA bound to FAD, the desferrioxamine b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8p
タイトルThe crystal structure of DfoA bound to FAD, the desferrioxamine biosynthetic pathway cadaverine monooxygenase from the fire blight disease pathogen Erwinia amylovora
要素L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / siderophore biosynthesis / cadaverine monooxygenase / NADP(H) / FAD
機能・相同性L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / biosynthetic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
機能・相同性情報
生物種Erwinia amylovora CFBP1430 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Salomone-Stagni, M. / Bartho, J.D. / Polsinelli, I. / Bellini, D. / Walsh, M.A. / Demitri, N. / Benini, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Autonomous Province of Bolzano イタリア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2018
タイトル: A complete structural characterization of the desferrioxamine E biosynthetic pathway from the fire blight pathogen Erwinia amylovora.
著者: Salomone-Stagni, M. / Bartho, J.D. / Polsinelli, I. / Bellini, D. / Walsh, M.A. / Demitri, N. / Benini, S.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
B: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6453
ポリマ－100,8592
非ポリマー7861
水37821
1
B: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
ヘテロ分子

B: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis
ヘテロ分子

A: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis

A: L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,2906
ポリマ－201,7194
非ポリマー1,5712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z+1/41
crystal symmetry operation6_455x-1/2,-y+1/2,-z+3/41
Buried area23210 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area65550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.090, 164.090, 168.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 428 / Label seq-ID: 6 - 431

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 L-lysine 6-monooxygenase involved in desferrioxamine biosynthesis


分子量: 50429.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia amylovora CFBP1430 (バクテリア)
遺伝子: dfoA, EAMY_3239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4I246, L-lysine N6-monooxygenase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.45 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→117.57 Å / Num. obs: 60324 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 13.1 % / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Num. unique obs: 4397 / Rrim(I) all: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tlx

4tlx


解像度: 2.75→117.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 24.081 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22398 3071 5.1 %RANDOM
Rwork0.20009 ---
obs0.2013 57178 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.62 Å2-0 Å2
3----5.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→117.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7044 0 53 21 7118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9539916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.967314969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72523.753389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88151212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6711554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2354.3793423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2314.3793422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1916.5724277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.196.5724278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8044.7763879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8044.7773880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0957.0375640
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69750.2398166
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.69750.248167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26882 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 211 -
Rwork0.369 4183 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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