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Yorodumi- PDB-2x5c: Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2x5c | ||||||
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Title | Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum Spherical Virus | ||||||
Components | HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131Hypothesis | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Alpha-Beta Plaits - #3590 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Funct.Genom. / Year: 2010 Title: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs. Authors: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...Authors: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2x5c.cif.gz | 129.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2x5c.ent.gz | 110 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2x5c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14699.056 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS / Plasmid: PDEST14 / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C43 / References: UniProt: Q6ZYH1 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 32.3 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 6.545% ISOPROPANOL, 0.1M TRIS-HCL, PH8.5. THE CRYOPROTECTANT USED WAS 30% GLYCEROL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.6 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 11, 2006 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.6 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→19 Å / Num. obs: 19587 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 89 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.8→18.824 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.78 / Stereochemistry target values: ML / Details: THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUE 29 TO 127
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.254 Å2 / ksol: 0.433 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→18.824 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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