PDB-2x4h: Crystal Structure of the hypothetical protein SSo2273 from Sulfol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x4h

タイトル

Crystal Structure of the hypothetical protein SSo2273 from Sulfolobus solfataricus

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x4h.cif.gz	226.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x4h.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4usn-3 6dkm-d 4usn-7 4usn-6 4usn-2 4q2y-2 1hf2-d 3fhk-d 1iod-2 4usn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273

B: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273

C: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273

D: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273

ヘテロ分子

64.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.100, 72.100, 260.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	10 - 26	11 - 27
2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	10 - 26	11 - 27
3	1	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	10 - 26	11 - 27
4	1	LEU	LEU	ASP	ASP	D	D	10 - 26	11 - 27
1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	33 - 40	34 - 41
2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	33 - 40	34 - 41
3	2	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	33 - 40	34 - 41
4	2	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	33 - 40	34 - 41
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	44 - 57	45 - 58
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	44 - 57	45 - 58
3	3	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	44 - 57	45 - 58
4	3	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	44 - 57	45 - 58
1	4	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	60 - 62	61 - 63
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	60 - 62	61 - 63
3	4	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	60 - 62	61 - 63
4	4	VAL	VAL	LYS	LYS	D	D	60 - 62	61 - 63
1	5	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	67 - 69	68 - 70
2	5	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	67 - 69	68 - 70
3	5	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	67 - 69	68 - 70
4	5	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	67 - 69	68 - 70
1	6	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	71 - 93	72 - 94
2	6	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	71 - 93	72 - 94
3	6	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	71 - 93	72 - 94
4	6	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	71 - 93	72 - 94
1	7	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	98 - 110	99 - 111
2	7	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	98 - 110	99 - 111
3	7	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	98 - 110	99 - 111
4	7	LYS	LYS	TYR	TYR	D	D	98 - 110	99 - 111
1	8	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	115 - 124	116 - 125
2	8	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	115 - 124	116 - 125
3	8	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	115 - 124	116 - 125
4	8	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	115 - 124	116 - 125

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN SSO2273 分子量: 15958.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97WF3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: OFFLINE FUJI PLATE.
結晶化	pH: 7 詳細: 5.6%-6.8% PEG 1000, 80MM ZN ACETATE AND 0.1M MES PH7. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY ADDITION OF 25% PEG 400.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器	タイプ: FUJIFILM / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→28.89 Å / Num. obs: 30005 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCDE	SOLVE RESOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 13.785 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES ONE TO NINE ARE DISORDERED IN CHAINS A AND D AND RESIDUES ONE TO EIGHT ARE DISORDERED IN CHAINS B AND C. ATOM RECORD CONTAINS SUM ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24625	1577	5 %	RANDOM
R_work	0.20218	-	-	-
obs	0.20438	30005	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.417 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4195	0	14	78	4287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.983	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	7341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.601	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.064	24.404	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.144	15	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.461	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.466	1.5	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.136	1.5	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.855	2	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.479	3	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.352	4.5	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1307 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.68	0.5
2	B	medium positional	0.6	0.5
3	C	medium positional	0.75	0.5
4	D	medium positional	0.75	0.5
1	A	medium thermal	0.77	2
2	B	medium thermal	0.73	2
3	C	medium thermal	0.72	2
4	D	medium thermal	0.67	2

LS精密化シェル

解像度: 2.298→2.357 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	127	-
R_work	0.227	2103	-
obs	-	-	98.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.3343	-0.7672	1.6471	5.6198	5.4666	12.7428	0.0039	0.255	-0.1391	0.0427	-0.1988	0.3063	-0.1807	-0.6383	0.1949	0.5371	0.0503	0.0312	0.2732	0.0534	0.2471	5.875	35.557	12.195
2	3.7038	-0.6535	0.6713	2.8942	0.026	6.4061	-0.1054	0.2068	0.0378	0.4386	0.1167	0.2941	-0.2148	-0.7784	-0.0114	0.2811	0.036	-0.0387	0.3688	0.0541	0.0893	1.92	36.616	-1.15
3	13.7804	-2.8054	0.2586	4.215	3.1837	5.31	-0.0907	-0.5796	0.7917	-0.0695	0.0857	-0.0709	-0.6532	-0.2807	0.005	0.7952	0.1457	0.0222	0.3087	0.1143	0.1754	4.539	45.258	4.103
4	5.9255	-2.1028	-2.2863	2.028	4.1842	9.7655	-0.1611	-0.1599	0.104	-0.2249	0.3765	-0.1178	-0.7357	0.8049	-0.2154	0.5018	0.0193	-0.1544	0.3089	-0.0054	0.148	15.047	36.523	5.277
5	4.4978	-2.0316	2.9139	6.8874	-4.7945	11.5667	0.0231	0.4854	-0.0071	-0.0016	-0.1248	-0.2984	-0.0704	0.1772	0.1017	0.3113	0.0282	-0.0225	0.3029	-0.0132	0.1186	11.224	34.188	-4.472
6	9.3103	4.7682	2.5209	16.616	-7.0676	7.9579	-0.1363	0.3911	-0.2252	-0.2783	0.0325	-0.4244	0.5695	0.0849	0.1037	0.4295	0.0084	-0.0343	0.2351	0.0035	0.171	8.152	25.355	5.414
7	1.7863	0.3824	-0.8224	4.3832	-0.8984	1.743	-0.2241	0.2715	0.0184	-0.4476	-0.0207	0.3247	-0.0414	-0.2639	0.2449	0.5966	-0.0499	-0.0575	0.3463	0.1074	0.2216	-1.3	21.534	18.113
8	4.8975	2.4171	-3.0817	9.4722	-0.731	2.0447	0.2897	0.2297	0.8103	-0.2148	0.1474	0.942	-0.2496	-0.2286	-0.4371	0.7001	0.0529	-0.0575	0.3649	0.1076	0.3303	-3.269	27.954	21.526
9	3.0034	-1.7369	-3.076	10.8527	1.1557	5.7785	-0.1737	0.4735	-0.0761	-0.8425	0.1037	-0.1926	0.3699	-0.282	0.07	0.6304	-0.0306	0.0341	0.1475	0.0504	0.15	6.257	15.694	19.665
10	2.9789	-4.4579	3.4868	14.4925	-0.6834	6.8345	0.0725	0.1443	-0.1878	-0.643	-0.0681	0.6698	0.0243	0.0992	-0.0044	0.7684	-0.1227	-0.1289	0.3958	0.0277	0.2367	-3.477	16.828	11.107
11	6.6403	-2.8033	0.5735	14.8038	5.1366	11.5117	0.1447	0.6463	0.3258	-0.3355	-0.2271	0.4212	-0.3965	-0.5103	0.0824	0.6073	0.0081	0.0529	0.1006	0.0424	0.1978	7.343	37.282	35.306
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21	4.4919	-0.4093	1.0847	11.4777	2.6299	13.7876	0.0085	-0.5343	0.3315	0.0271	-0.0293	0.4261	-0.4408	-0.6287	0.0208	0.8215	0.0432	0.1136	0.0908	0.0094	0.2852	7.67	58.858	33.948
22	6.1217	1.4334	-6.4142	1.6235	1.0811	12.4419	0.1867	0.0744	0.2836	-0.3457	0.0095	-0.053	-0.8823	0.3121	-0.1962	0.9315	0.059	0.1357	0.3047	0.2182	0.3981	14.431	57.822	21.737
23	5.1033	-0.4008	3.3582	3.5383	0.8231	10.5123	0.1364	0.4862	0.2005	-0.1466	-0.0373	-0.409	-0.656	1.2485	-0.0991	0.7762	-0.0108	0.1264	0.171	0.07	0.3334	19.976	51.043	25.542
24	12.7157	-2.8801	-0.7694	4.9926	0.5297	0.4305	0.2584	0.0261	-0.3417	-0.2826	-0.173	0.0646	-0.0107	0.0146	-0.0854	0.7308	0.0223	0.0798	0.0309	0.0283	0.2025	10.367	46.268	29.824
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26	0.9146	-2.1569	-0.353	10.2254	4.3805	6.2667	0.1825	0.5231	0.0574	-0.2322	-0.23	0.2227	-0.425	-0.0383	0.0475	0.9373	0.1829	0.1006	0.5809	0.0866	0.2062	5.935	57.463	21.039
27	1.772	-0.9083	-1.3654	6.687	0.8688	6.2658	0.0511	-0.0434	-0.0026	0.0474	-0.1852	-0.545	0.3566	0.2193	0.1341	0.6132	0.04	0.0676	0.0172	0.0362	0.1743	7.139	75.175	37.089
28	3.3888	5.0641	-2.1301	15.379	7.8132	16.8193	0.1676	-0.1979	-0.4623	0.7142	0.0165	-1.0267	0.5708	0.5671	-0.1841	0.6967	0.0691	-0.0904	0.0853	0.0235	0.3855	11.721	72.587	43.034
29	3.6192	-1.1609	-1.0311	8.6717	-0.8156	3.6431	0.0275	0.0427	-0.5574	0.2227	-0.0064	0.3249	0.3277	0.0324	-0.0211	0.7488	-0.0486	0.0189	0.0296	-0.005	0.1693	-0.134	68.869	36.438
30	10.1442	-1.6668	-2.534	5.165	1.0835	3.0109	0.1037	0.7163	-0.0522	-0.4039	-0.0239	-0.3289	0.0119	-0.2132	-0.0798	0.6533	0.0074	0.0796	0.0672	0.0373	0.1819	4.855	78.128	29.341
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32	2.8838	-0.2238	-1.0637	10.2707	4.7112	2.4989	0.495	-0.5569	0.1084	-0.1779	-0.8016	0.843	-0.2561	-0.2608	0.3065	1.3332	0.1235	0.3754	0.6011	0.1477	0.4633	-10.735	53.763	68.155
33	1.0628	0.5571	3.067	9.5136	2.2408	9.647	-0.0204	0.0968	0.0727	0.2499	0.2641	0.2794	-0.6353	0.1465	-0.2437	0.9041	0.0325	0.2199	0.2064	0.1252	0.3626	-3.851	47.686	61.055
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36	8.0628	-2.9874	-4.3361	19.216	-6.8058	13.0739	0.1343	-0.5609	0.3091	1.5042	-0.1535	-0.8067	0.1312	0.465	0.0193	1.0947	-0.0352	0.0816	0.1381	0.0308	0.1776	-2.932	69.869	55.599
37	2.0773	-0.0747	1.1221	6.5498	-1.688	9.7062	0.0704	-0.0359	-0.0408	0.2625	-0.0348	0.7415	0.3409	-0.4346	-0.0356	0.5801	-0.0336	0.1499	0.0868	0.0325	0.202	-10.312	71.553	44.075
38	7.8473	5.2751	-1.6623	7.9915	-4.5442	3.0201	0.2975	0.4618	-0.7458	0.5343	0.002	0.1342	-0.1612	0.15	-0.2994	1.0838	0.0055	0.1154	0.1411	-0.0251	0.2798	-0.48	65.91	47.803
39	12.1044	1.348	-2.2637	10.5918	0.7809	2.6804	-0.0365	-0.4997	1.0004	0.9946	-0.0243	0.0722	-0.1401	0.0829	0.0608	0.8499	-0.024	0.0222	0.1161	-0.0013	0.204	0.672	79.497	49.91
40	9.3164	2.0913	-3.1634	9.94	5.1155	9.541	-0.2544	-0.94	0.3563	0.8842	0.0548	-0.1039	-0.1739	0.1166	0.1996	0.8943	0.0719	0.2206	0.1859	-0.0578	0.3165	-11.206	76.62	55.177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	38 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	53 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	60 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	73 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	79 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	95 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	114 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	126 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	9 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	15 - 22
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	23 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	36 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	55 - 67
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	68 - 81
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	82 - 97
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	98 - 106
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	107 - 124
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	125 - 138
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	8 - 16
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	17 - 28
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	29 - 43
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	44 - 55
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	56 - 64
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	65 - 78
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	79 - 99
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	100 - 105
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	106 - 121
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	122 - 138
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	10 - 20
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	21 - 34
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	35 - 55
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	56 - 64
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	65 - 78
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	79 - 83
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	84 - 104
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	105 - 114
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	115 - 125
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	126 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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