PDB-2x5d: Crystal Structure of a probable aminotransferase from Pseudomonas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5d

タイトル

Crystal Structure of a probable aminotransferase from Pseudomonas aeruginosa

要素

PROBABLE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5d.cif.gz	597.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5d.ent.gz	497.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x5d_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x5d_full_validation.pdf.gz	525.3 KB	表示
XML形式データ	2x5d_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	2x5d_validation.cif.gz	76.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 2douS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lmx-d 3ele-d 4b11-d 6ptk-2 7jx9-d 3w5g-d 4b10-d 21978 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROBABLE AMINOTRANSFERASE

B: PROBABLE AMINOTRANSFERASE

C: PROBABLE AMINOTRANSFERASE

D: PROBABLE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.860, 173.810, 76.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	34 - 41	35 - 42
2	1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	34 - 41	35 - 42
3	1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	34 - 41	35 - 42
4	1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	34 - 41	35 - 42
1	1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	44 - 58	45 - 59
2	1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	44 - 58	45 - 59
3	1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	44 - 58	45 - 59
4	1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	44 - 58	45 - 59
1	2	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	75 - 104	76 - 105
2	2	2	GLY	GLY	THR	THR	B	B	75 - 104	76 - 105
3	2	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	75 - 104	76 - 105
4	2	2	GLY	GLY	THR	THR	D	D	75 - 104	76 - 105
1	3	2	THR	THR	SER	SER	A	A	124 - 131	125 - 132
2	3	2	THR	THR	SER	SER	B	B	124 - 131	125 - 132
3	3	2	THR	THR	SER	SER	C	C	124 - 131	125 - 132
4	3	2	THR	THR	SER	SER	D	D	124 - 131	125 - 132
1	4	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	147 - 167	148 - 168
2	4	2	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	147 - 167	148 - 168
3	4	2	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	147 - 167	148 - 168
4	4	2	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	147 - 167	148 - 168
1	5	2	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	172 - 217	173 - 218
2	5	2	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	172 - 217	173 - 218
3	5	2	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	172 - 217	173 - 218
4	5	2	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	172 - 217	173 - 218
1	6	2	SER	SER	ASN	ASN	A	A	225 - 247	226 - 248
2	6	2	SER	SER	ASN	ASN	B	B	225 - 247	226 - 248
3	6	2	SER	SER	ASN	ASN	C	C	225 - 247	226 - 248
4	6	2	SER	SER	ASN	ASN	D	D	225 - 247	226 - 248
1	7	2	GLY	GLY	SER	SER	A	A	254 - 271	255 - 272
2	7	2	GLY	GLY	SER	SER	B	B	254 - 271	255 - 272
3	7	2	GLY	GLY	SER	SER	C	C	254 - 271	255 - 272
4	7	2	GLY	GLY	SER	SER	D	D	254 - 271	255 - 272
1	1	3	GLN	GLN	PHE	PHE	A	A	294 - 394	295 - 395
2	1	3	GLN	GLN	PHE	PHE	B	B	294 - 394	295 - 395
3	1	3	GLN	GLN	PHE	PHE	C	C	294 - 394	295 - 395
4	1	3	GLN	GLN	PHE	PHE	D	D	294 - 394	295 - 395

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PROBABLE AMINOTRANSFERASE 分子量: 46181.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HV83
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 35.9% PEG400, 0.19M LITHIUM SULFATE, 0.1M MES PH6.0. CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED DIRECTLY IN THIS SOLUTION SUPPLEMENTED WITH PLP.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月29日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.939 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.953
1	1	-H, -K, H+L	2	0.047

反射

解像度: 2.3→28.9 Å / Num. obs: 66956 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.5

反射シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DOU

2dou

解像度: 2.25→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 22.426 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. CHAINS A,B,D ARE ORDERED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24422	3662	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21606	-	-	-
obs	0.21753	66956	93.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 2.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.12 Å²	0 Å²	12.98 Å²
2-	-	-14.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11707	0	86	285	12078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.968	16359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	20127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.553	22.888	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.573	15	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.574	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.287	1.5	7421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.051	1.5	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.535	2	11962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.04	3	4637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.668	4.5	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	47	medium positional	0.13	0.5
1	2	B	47	medium positional	0.16	0.5
1	3	C	47	medium positional	0.16	0.5
1	4	D	47	medium positional	0.15	0.5
2	1	A	937	medium positional	0.24	0.5
2	2	B	937	medium positional	0.26	0.5
2	3	C	937	medium positional	0.24	0.5
2	4	D	937	medium positional	0.22	0.5
3	1	A	594	medium positional	0.17	0.5
3	2	B	594	medium positional	0.14	0.5
3	3	C	594	medium positional	0.17	0.5
3	4	D	594	medium positional	0.16	0.5
1	1	A	62	loose positional	0.62	5
1	2	B	62	loose positional	0.97	5
1	3	C	62	loose positional	0.5	5
1	4	D	62	loose positional	0.44	5
2	1	A	1212	loose positional	0.67	5
2	2	B	1212	loose positional	0.83	5
2	3	C	1212	loose positional	0.66	5
2	4	D	1212	loose positional	0.68	5
3	1	A	825	loose positional	0.65	5
3	2	B	825	loose positional	0.71	5
3	3	C	825	loose positional	0.92	5
3	4	D	825	loose positional	0.73	5
1	1	A	47	medium thermal	0	2
1	2	B	47	medium thermal	0	2
1	3	C	47	medium thermal	0	2
1	4	D	47	medium thermal	0	2
2	1	A	937	medium thermal	0.14	2
2	2	B	937	medium thermal	0.1	2
2	3	C	937	medium thermal	0.09	2
2	4	D	937	medium thermal	0.17	2
3	1	A	594	medium thermal	0.14	2
3	2	B	594	medium thermal	0.1	2
3	3	C	594	medium thermal	0.21	2
3	4	D	594	medium thermal	0.23	2
1	1	A	62	loose thermal	0.3	10
1	2	B	62	loose thermal	0.26	10
1	3	C	62	loose thermal	0.12	10
1	4	D	62	loose thermal	0.16	10
2	1	A	1212	loose thermal	0.28	10
2	2	B	1212	loose thermal	0.27	10
2	3	C	1212	loose thermal	0.26	10
2	4	D	1212	loose thermal	0.28	10
3	1	A	825	loose thermal	0.47	10
3	2	B	825	loose thermal	0.33	10
3	3	C	825	loose thermal	0.28	10
3	4	D	825	loose thermal	0.36	10

LS精密化シェル

解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	35	-
R_work	0.283	725	-
obs	-	-	13.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4376	1.0017	2.9302	0.4181	1.4755	5.7374	0.1292	0.3197	-0.2575	0.0183	0.1532	-0.0376	0.1272	0.7263	-0.2824	0.0932	0.0474	-0.1513	0.7689	0.0266	0.64	21.502	-7.089	21.576
2	4.2753	-1.4845	1.8596	6.1629	-0.4506	8.9387	0.5018	0.7525	-0.6309	-1.5649	0.0227	0.9113	1.5676	0.1139	-0.5245	0.6554	-0.0421	-0.3906	0.9465	0.0801	0.8975	-1.194	-9.547	0.674
3	0.1648	0.0831	0.4796	1.9903	0.2735	1.9786	0.0266	0.0344	-0.2405	-0.1274	0.3183	0.0461	-0.2454	-0.1936	-0.3449	0.1562	0.0285	-0.0871	0.7095	0.0468	0.6933	2.968	6.825	8.515
4	0.7803	0.9036	0.4361	4.3322	-0.9063	1.6809	0.0312	0.0006	0.0243	0.1707	0.3227	0.575	-0.4021	-0.444	-0.3538	0.1623	0.1053	0.0421	0.7037	0.1276	0.6097	-1.826	11.576	18.394
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11	6.7089	-1.4235	-1.8639	3.307	1.2312	2.8321	-0.1166	0.3937	0.2869	-0.2581	0.147	0.251	-0.3647	-0.1316	-0.0303	0.6208	-0.0622	-0.2694	0.5853	0.0399	0.4956	29.426	57.48	-20.104
12	2.8127	2.2418	-0.6122	6.5567	0.4528	3.4108	-0.1138	0.0358	-0.3128	0.1198	0.1968	-1.0701	0.0159	0.4403	-0.0831	0.4498	-0.0594	-0.2461	0.6518	-0.0515	0.5921	44.773	48.032	-16.892
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18	4.1464	-1.555	-0.4294	3.2932	0.2443	1.6209	-0.6149	-0.6555	0.186	0.7857	0.6612	0.1679	-0.2915	-0.0719	-0.0462	0.5721	0.2741	-0.1363	0.6901	0.0145	0.3531	-2.491	55.307	22.713
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21	0.3679	-0.4714	0.714	5.635	-0.7781	1.682	-0.0152	0.0122	-0.2816	-0.1187	0.3873	-0.0693	-0.31	0.2975	-0.3722	0.1737	-0.0879	-0.0815	0.6785	-0.069	0.5455	26.224	4.915	-5.843
22	0.5055	0.3545	1.0595	6.1918	-0.6865	3.5141	-0.0561	0.1304	-0.1436	-0.5302	0.299	-0.6043	-0.2335	0.6537	-0.2429	0.1099	-0.0783	0.0157	0.7218	-0.1164	0.5379	30.95	6.24	-13.791
23	1.2899	0.3506	0.374	2.5693	-3.4495	5.3689	0.3042	0.0472	-0.2746	0.1365	0.0082	-0.02	0.1733	0.2032	-0.3125	0.2531	0.1175	-0.2797	0.5976	-0.0894	0.5872	24.124	-8.571	-3.583
24	2.7624	-0.4365	1.0365	3.8486	0.6353	7.9425	0.1595	0.2487	-0.076	-0.2645	0.2336	-0.053	-0.2156	-0.0027	-0.3931	0.0529	-0.0567	-0.0639	0.572	-0.0131	0.3893	14.036	-2.27	-32.784
25	5.0637	-8.2475	-1.9381	13.7136	3.1647	0.7421	0.2875	0.2079	-0.2467	-1.0491	-0.2091	0.6777	-0.187	-0.069	-0.0784	0.4993	-0.1596	-0.2423	0.7243	0.1178	0.5231	19.563	-1.585	-11.555

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	140 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	239 - 297
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	298 - 399
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	20 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	59 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	145 - 257
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	258 - 275
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	280 - 334
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	335 - 399
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	21 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	59 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	76 - 146
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	147 - 269
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	270 - 279
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	280 - 397
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	20 - 47
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	48 - 81
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	82 - 146
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	147 - 262
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	263 - 304
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	305 - 399
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	1400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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