PDB-2ivy: Crystal structure of hypothetical protein sso1404 from Sulfolobus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ivy

タイトル

Crystal structure of hypothetical protein sso1404 from Sulfolobus solfataricus P2

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN SSO1404

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / CAS / RNAI / CRISPR

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Yan, X. / Carter, L.G. / Dorward, M. / Liu, H. / McMahon, S.A. / Oke, M. / Powers, H. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2006年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ivy.cif.gz	54.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ivy.ent.gz	39.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ivy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 1zpwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gi4-d 2i8e-1 6ghz-2 5b6h-d 1s14-1 4l5h-1 7c7o-d 2n1e-d 4jru-d 3w40-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO1404

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN SSO1404

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.493, 64.493, 39.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-8- PHE

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN SSO1404 分子量: 11878.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q97YC2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 30% PEG 1000, 0.1M TRIS PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射	モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 18390 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZPW

1zpw

解像度: 1.4→18.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.845 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1 AND 90-101 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	941	5.1 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.165	17425	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	730	0	0	105	835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.98	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.356	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.202	23.158	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.515	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.592	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.311	1.5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.784	2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.582	3	324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.772	4.5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	82
R_work	0.207	1255

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.3308	1.819	-0.2071	8.456	-0.0228	11.7444	0.1429	-0.641	-0.096	0.563	-0.2082	0.0725	0.2611	-0.1346	0.0652	0.0606	-0.0454	-0.0091	0.0785	-0.0128	0.0401	43.793	20.916	-2.97
2	3.178	0.5339	-0.7373	2.1327	0.1988	2.4584	-0.0506	0.5216	-0.1392	-0.2752	0.0564	-0.0138	0.179	-0.1479	-0.0058	0.0239	-0.0137	-0.0012	0.1055	0.0003	0.011	45.931	19.838	-22.952
3	4.5803	0.6164	-1.9095	8.637	-0.2973	8.5757	0.0342	0.1946	0.0027	-0.1366	0.0779	0.1803	0.2554	-0.2633	-0.1121	0.0557	-0.0216	-0.0207	0.0558	0.0031	0.0439	40.217	15.254	-18.007
4	5.4332	2.7461	-0.9221	25.6644	2.204	10.7922	0.0809	-0.0018	-0.0727	0.4534	-0.3051	0.3321	0.6869	-0.3253	0.2242	0.0638	-0.0488	0.0064	0.1304	0.0285	0.1063	36.06	16.304	-12.86
5	1.2151	-0.273	0.5676	3.6499	-2.266	4.2484	0.0198	-0.0188	-0.0082	0.1734	-0.0652	0.1106	0.0274	-0.0123	0.0454	0.0399	-0.0285	-0.0002	0.0759	0.0073	0.0722	40.921	20.045	-10.411
6	3.7245	0.488	-4.643	5.1586	-0.6684	11.9956	-0.156	-0.184	-0.2548	0.0731	0.0063	-0.3422	0.2621	0.3515	0.1497	0.053	-0.0088	-0.0056	0.0461	0.0052	0.0559	48.389	10.257	-14.622
7	9.2505	6.9501	-15.0685	21.359	-13.7997	24.9265	-1.212	0.8356	-0.3831	-1.2863	1.0184	0.5626	1.5175	-1.3787	0.1936	0.0699	-0.0762	0.0104	0.1237	-0.0324	0.0546	56.264	14.56	-29.311
8	3.2803	0.226	-4.8897	0.208	-0.4595	11.3286	0.1135	0.0616	0.0795	-0.0183	0.0564	-0.0802	-0.1329	0.0709	-0.1699	0.0326	-0.0088	0.0044	0.0397	0.0025	0.0561	52.367	21.963	-17.705
9	14.6112	-7.3701	0.6026	16.0702	-4.5122	8.5062	0.0189	-0.5576	0.0301	0.3755	0.2451	0.6076	0.0381	-0.3827	-0.264	0.0501	-0.0118	0.0606	0.0937	-0.0122	0.0489	41.153	30.456	-0.698
10	3.6376	-0.4222	1.5414	5.8643	-9.873	24.9261	0.0052	0.0729	0.2294	0.1196	-0.065	0.2472	-0.5243	-0.072	0.0598	0.0677	0.0306	0.0111	0.0499	-0.0156	0.079	42.148	38.59	-12.842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	25 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	31 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	47 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	59 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	64 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	76 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	82 - 89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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