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万見
- PDB-2wj9: ArdB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wj9
タイトルArdB
要素INTERGENIC-REGION PROTEIN
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / ANTIRESTRICTION
機能・相同性Antirestriction protein / Antirestriction protein / Antirestriction domain superfamily / Antirestriction protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BETA-MERCAPTOETHANOL / Antirestriction protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli CFT073 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Weikart, N.D. / Roberts, G. / Johnson, K.A. / Oke, M. / Cooper, L.P. / McMahon, S.A. / White, J.H. / Liu, H. / Carter, L.G. / Walkinshaw, M.D. ...Weikart, N.D. / Roberts, G. / Johnson, K.A. / Oke, M. / Cooper, L.P. / McMahon, S.A. / White, J.H. / Liu, H. / Carter, L.G. / Walkinshaw, M.D. / Blakely, G.W. / Naismith, J.H. / Dryden, D.T.F.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili C, D. / Botting, H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2009年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERGENIC-REGION PROTEIN
B: INTERGENIC-REGION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,26013
ポリマ－41,2872
非ポリマー97311
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-84.6 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.900, 67.640, 80.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEUAA21 - 6045 - 84
21GLNGLNLEULEUBB21 - 6045 - 84
12LEULEUALAALAAA71 - 8295 - 106
22LEULEUALAALABB71 - 8295 - 106
13THRTHRASPASPAA92 - 157116 - 181
23THRTHRASPASPBB92 - 157116 - 181

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INTERGENIC-REGION PROTEIN / ARDB


分子量: 20643.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VRA1

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非ポリマー , 5種, 192分子

#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SULFATE (SO4): SULFATE ION CHLORIDE (CL): CHLORIDE ION BETA MERCAPTO ETHANOL (BME): COVALENT LINK ...SULFATE (SO4): SULFATE ION CHLORIDE (CL): CHLORIDE ION BETA MERCAPTO ETHANOL (BME): COVALENT LINK TO CYS RESIDUES, THINK ARISES DURING PURIFICATION METHANPENTANDIOL (MPD): METHANPENTANDIOL FROM SOLVENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / タイプ: ESRF / 波長: 0.931
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→23 Å / Num. obs: 36476 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.62→80.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.315 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21792 1934 5 %RANDOM
Rwork0.19136 ---
obs0.19264 36476 93.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å20 Å20 Å2
2---1.99 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→80.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2253 0 55 181 2489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9453327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9013.0033894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7765298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74823.363113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2315370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3711516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.21583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3260.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8461.51887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.5579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77622348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38431180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7114.5971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A676medium positional0.190.5
2B676medium positional0.190.5
1A875loose positional0.595
2B875loose positional0.595
1A676medium thermal0.612
2B676medium thermal0.612
1A875loose thermal1.0210
2B875loose thermal1.0210
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 146 -
Rwork0.284 2758 -
obs--97.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4766-0.0592-0.9223.6402-0.01381.5412-0.05170.1479-0.0375-0.24120.00690.02530.1125-0.12830.0448-0.1399-0.03190.0114-0.0639-0.0024-0.1356-23.5655.442-1.544
21.1853-0.0881-0.42572.4039-0.05041.7616-0.0421-0.0644-0.03140.16990.02650.15270.0885-0.05160.0156-0.17860.00210.0055-0.1429-0.0009-0.1397-34.50915.62522.058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 157
3X-RAY DIFFRACTION2A1162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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