PDB-2x5g: Crystal structure of the ORF131L51M mutant from Sulfolobus island...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5g

タイトル

Crystal structure of the ORF131L51M mutant from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

要素

ORF 131

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #60 / : / PHA01746-like protein / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MALONATE ION / Uncharacterized protein 131

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Naismith, J.H. / White, M.F.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5g.cif.gz	54.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5g.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x5g_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x5g_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	2x5g_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	2x5g_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r1s-5 2x5t-1 1syx-3 4m0n-d 1zh2-d 2h4h-d 4kvh-1 1oys-d 4bh9-d 1syx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF 131

ヘテロ分子

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF 131

ヘテロ分子

A: ORF 131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.453, 58.453, 68.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2003- HOH

#1: タンパク質	ORF 131 / UNCHARACTERIZED PROTEIN 131 / CAG38830 分子量: 11096.696 Da / 分子数: 1 / 断片: TRUNCATED VERSION, RESIDUES 1-96 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス) Variant: XX / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8QL44
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 51 TO MSE
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 2.1 M SODIUM MALONATE AND CRYOPROTECTED WITH 2.4 M MALONATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25.31 Å / Num. obs: 9346 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→25.311 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	457	4.9 %
R_work	0.2104	-	-
obs	0.2123	9346	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.997 Å² / k_sol: 0.441 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2218 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2218 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4437 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.311 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	741	0	17	27	785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	791
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.741	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.056	322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	136

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0002-2.2895	0.3545	141	0.2548	2886	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2895-2.8838	0.2716	157	0.2057	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8838-25.3129	0.2229	159	0.2012	3044	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1566	-1.2207	0.183	2.452	0.248	2.4827	0.1478	0.3519	-0.1344	-0.0799	-0.3216	0.458	-0.525	-1.5169	0.1126	0.5128	0.2068	-0.0217	0.6068	-0.0435	0.3857	25.0236	24.2474	-1.8271
2	2.8962	-0.6389	-0.6293	3.2916	2.0683	2.1678	0.4343	-0.0672	0.0099	-0.3209	-0.3463	-0.3566	-0.2493	0.002	-0.0895	0.3319	0.0274	0.0793	0.3652	-0.0406	0.4018	33.7093	23.7049	7.6402
3	3.6643	1.2205	-0.7205	4.1153	0.0157	3.5689	-0.3348	0.086	1.0164	0.9888	0.3132	1.2179	-0.3896	0.5646	-0.0219	0.3709	0.01	0.0857	0.312	0.1634	0.5829	38.4326	29.2306	18.1822
4	1.0041	0.546	0.7524	0.4841	-0.3166	4.9303	0.0524	0.0324	-0.3136	0.1648	-0.1695	-0.004	1.0621	0.4487	0.0858	0.33	0.0199	-0.0156	0.2589	-0.0415	0.3875	42.5269	15.8379	7.0907
5	1.5524	-0.4384	-0.6592	2.7121	1.199	3.3865	0.6312	0.3516	-0.0818	-0.6675	-0.1146	-0.5891	-1.1814	0.2387	-0.1107	0.5384	-0.0904	0.0704	0.4231	-0.0075	0.4251	38.0004	22.4015	-6.3796
6	0	0	-0	0	0	0	-0	0	-969457.3228	0	0	0	969457.3	0	0	0.3376	-0.0505	0.0544	0.4785	-0.0531	0.354	38.1001	30.0093	20.4145
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1.6143	-0.1225	-0.1316	0.8301	-0.4517	0.8203	40.4005	11.7006	-3.3619
8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.5362	0.0356	-0.0272	0.3953	-0.0058	0.581	33.8215	19.311	11.3029
9	1.9999	1.4676	7.4126	2.0003	-5.8448	7.9326	-0.2674	0.4869	0.3079	-0.1584	0.1296	0.0109	-0.1087	-0.3297	-0.0429	1.4523	-0.1431	0.2271	0.5054	-0.2562	0.485	37.0289	11.4827	7.4627
10	2.0001	1.9992	-5.0659	1.9994	1.9995	1.9999	1.1368	3.5836	-2.4829	-5.1618	-0.7493	1.0856	2.6255	0.858	-0.4184	1.2966	-0.2041	-0.1272	1.2288	0.1756	0.4957	32.1509	14.203	5.8105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 24:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 58:68)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 69:86)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 87:95)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1:1)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 2:2)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 3:3)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN D AND RESID 201:201)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 202:202)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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