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Yorodumi- PDB-4lmx: Light harvesting complex PE555 from the cryptophyte Hemiselmis an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lmx | ||||||
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Title | Light harvesting complex PE555 from the cryptophyte Hemiselmis andersenii CCMP644 | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / thylakoid lumen | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Hemiselmis andersenii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Single-residue insertion switches the quaternary structure and exciton states of cryptophyte light-harvesting proteins. Authors: Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Dinshaw, R. / Collini, E. / Mirkovic, T. / Teng, C.Y. / Oblinsky, D.G. / Green, B.R. / Hoef-Emden, K. / Hiller, R.G. / Scholes, G.D. / Curmi, P.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4lmx.cif.gz | 618.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4lmx.ent.gz | 518.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4lmx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4lm6C 4lmsC 1qgwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Cryptophyte phycoerythrin (alpha- ... , 3 types, 6 molecules ACEGIK
#1: Protein | Mass: 6628.628 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis andersenii (eukaryote) / Strain: CCMP644 / References: UniProt: U5TBJ3*PLUS |
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#3: Protein | Mass: 7019.024 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis andersenii (eukaryote) / Strain: CCMP644 / References: UniProt: U5TBU5*PLUS |
#4: Protein | Mass: 7072.145 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SEE REMARK 999 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis andersenii (eukaryote) / Strain: CCMP644 / References: UniProt: U5TBJ3*PLUS |
-Protein , 1 types, 6 molecules BDFHJL
#2: Protein | Mass: 18406.949 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis andersenii (eukaryote) / Strain: CCMP644 / References: UniProt: U5T8W0*PLUS |
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-Non-polymers , 3 types, 2219 molecules
#5: Chemical | ChemComp-PEB / #6: Chemical | ChemComp-DBV / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THERE ARE THREE ALPHA1:BETA:ALPHA2:BETA COMPLEXES IN THE ASYMMETRIC UNIT. COMPLEXES 2 AND 3 HAVE ...THERE ARE THREE ALPHA1:BETA:ALPHA2:BETA COMPLEXES IN THE ASYMMETRIC |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG10000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→142.416 Å / Num. all: 131955 / Num. obs: 131573 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 18707 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QGW Resolution: 1.8→18.636 Å / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / Phase error: 21.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.108 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→18.636 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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