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- PDB-6zyf: Notum_Ghrelin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyf
タイトルNotum_Ghrelin complex
要素Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
キーワードSIGNALING PROTEIN / Notum Ghrelin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K4Q / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Zhao, Y. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: Mol Metab / 年: 2021
タイトル: Notum deacylates octanoylated ghrelin.
著者: Zhao, Y. / Schuhmacher, L.N. / Roberts, M. / Kakugawa, S. / Bineva-Todd, G. / Howell, S. / O'Reilly, N. / Perret, C. / Snijders, A.P. / Vincent, J.P. / Jones, E.Y.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
B: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0998
ポリマ－87,1022
非ポリマー9976
水1,00956
1
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9883
ポリマ－43,5511
非ポリマー4362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1125
ポリマ－43,5511
非ポリマー5614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.418, 184.072, 61.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 86 through 194 or resid 199 through 418 or resid 432 through 451 or resid 501))
21(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 86 through 194 or resid 199 through 418 or resid 432 through 451 or resid 501))AA86 - 1949 - 117
12GLUGLULEULEU(chain A and (resid 86 through 194 or resid 199 through 418 or resid 432 through 451 or resid 501))AA199 - 418122 - 341
13CYSCYSTHRTHR(chain A and (resid 86 through 194 or resid 199 through 418 or resid 432 through 451 or resid 501))AA432 - 451355 - 374
14NAGNAGNAGNAG(chain A and (resid 86 through 194 or resid 199 through 418 or resid 432 through 451 or resid 501))AC501
21ASNASNMETMET(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 1439 - 66
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB14467
23ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374
24ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374
25ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374
26ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374
27ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374
28ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 86 through 143 or (resid 144...BB86 - 4519 - 374

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要素

#1: タンパク質 Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM


分子量: 43551.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-K4Q / [(2~{S})-2-azanyl-3-oxidanylidene-propyl] octanoate


分子量: 215.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0 0.1 M KCl 15% PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→92.04 Å / Num. obs: 45353 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / Num. unique obs: 2207 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UZQ

4uzq


解像度: 2.19→92.04 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2257 5.05 %
Rwork0.231 42406 -
obs0.232 44663 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.98 Å2 / Biso mean: 56.5252 Å2 / Biso min: 22.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→92.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5613 0 61 56 5730
Biso mean--62.74 42.55 -
残基数----701
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3269X-RAY DIFFRACTION12.921TORSIONAL
12B3269X-RAY DIFFRACTION12.921TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.19-2.240.37051440.38282497264195
2.24-2.290.40011570.36322564272197
2.29-2.350.35871170.35872577269498
2.35-2.410.35941460.33732599274598
2.41-2.480.30031330.30882594272798
2.48-2.560.34561400.30112626276699
2.56-2.650.30771220.28432622274499
2.65-2.760.3061450.27712606275199
2.76-2.880.25311560.26792643279999
2.88-3.040.30161320.26722671280399
3.04-3.230.27531170.254626822799100
3.23-3.480.25271460.233526922838100
3.48-3.830.22681470.215126842831100
3.83-4.380.2461500.188527102860100
4.38-5.520.19031460.165627482894100
5.52-92.040.19051590.182728913050100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0567-0.01550.01830.08260.03980.0373-0.1751-0.22090.52120.1289-0.0643-0.3105-0.08460.0277-0.13770.4847-0.6144-0.12440.2339-0.8531-0.1849-54.539829.4557-19.9132
20.3584-0.11190.26860.35440.30570.21510.5241-0.16450.5835-0.1135-0.0759-0.4647-0.2936-0.40070.35390.2005-0.6057-0.26240.3707-0.310.0909-53.457521.098-22.9363
31.35710.52040.21821.2422-0.24930.6150.0370.03790.0436-0.1238-0.00490.02050.1374-0.0960.02670.3638-0.19240.01270.3459-0.02040.2319-60.482412.5313-34.2413
40.48120.45570.22220.5160.25050.032-0.44910.4788-0.0806-0.24650.4860.10380.2061-0.4403-0.0020.3544-0.22910.04470.4315-0.11040.1584-33.20731.285-12.8616
50.19740.02950.1440.11350.00560.0857-0.12650.1349-0.0472-0.12140.1930.04850.2979-0.20950.00570.3463-0.1780.05210.3911-0.07110.2909-39.367828.6198-3.6876
60.4116-0.06110.15340.232-0.0640.1165-0.45390.4570.4345-0.21210.37980.0891-0.0163-0.0444-0.05370.3656-0.17220.03160.37190.05890.3568-29.920340.4688-11.3976
70.48960.38390.03540.15110.0294-0.1161-0.17810.14790.07780.06270.2205-0.35670.06590.0955-0.01470.2383-0.00890.02640.1962-0.06110.3657-20.921332.3196-3.1246
80.49780.34320.10660.3284-0.11680.3193-0.18320.0118-0.39530.06810.1498-0.58340.01140.15480.0040.24350.01640.0560.2704-0.03990.5812-14.795525.5621-0.5157
90.22260.11580.12450.0304-0.00680.1517-0.0418-1.2924-0.56730.6392-0.11590.07030.2987-0.0046-0.0240.5353-0.0557-0.10220.40920.21970.5452-27.602221.809413.2791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 86 through 107 )A86 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 108 through 159 )A108 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 451 )A160 - 451
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 86 through 147 )B86 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 148 through 185 )B148 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 186 through 224 )B186 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 225 through 286 )B225 - 286
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 287 through 394 )B287 - 394
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 395 through 451 )B395 - 451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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