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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qnj | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF NATIVE PORCINE PANCREATIC ELASTASE AT ATOMIC RESOLUTION (1.1 A) | ||||||
要素 | ELASTASEエラスターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (SERINE PROTEASE) / HYDROLASE(SERINE PROTEASE) / ATOMIC RESOLUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wurtele, M. / Hahn, M. / Hilpert, K. / Hohne, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Atomic Resolution Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.1 A 著者: Wurtele, M. / Hahn, M. / Hilpert, K. / Hohne, W. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Inhibition of Elastase by N-Sulfonylaryl Beta-Lactams: Anatomy of a Stable Acyl-Enzyme Complex 著者: Wilmouth, R.C. / Westwood, N.J. / Anderson, K. / Brownlee, W. / Claridge, T.D.W. / Clifton, I.J. / Pritchard, G.J. / Aplin, R.T. / Schofield, C.J. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988 タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution 著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: The Atomic Structure of Crystalline Porcine Pancreatic Elastase at 2.5 Angstroms Resolution. Comparisons with the Structure of Alpha- Chymotrypsin 著者: Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Campbell, J.W. / Wendell, P.L. / Muirhead, H. / Watson, H.C. / Diamond, R. / Ladner, R.C. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1970 タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Tosyl-Elastase at 3.5 Angstroms Resolution 著者: Watson, H.C. / Shotton, D.M. / Cox, J.M. / Muirhead, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qnj.cif.gz | 183.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qnj.ent.gz | 140.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1btuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PORCINE PANCREATIC ELASTASE / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE NUMBERING OF BOVINE CHYMOTRYPSINOGEN A. THE RESIDUE ASN-77 OF ...RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE NUMBERING OF BOVINE CHYMOTRYPS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.6 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 8 / 詳細: 0.25 M NA2SO4 18 DEGREES CELSIUS, pH 8.00 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→45.6 Å / Num. obs: 81820 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 60.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1071726 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BTU 解像度: 1.1→45.6 Å / Num. parameters: 19897 / Num. restraintsaints: 24006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 23 / Occupancy sum hydrogen: 1762 / Occupancy sum non hydrogen: 2177 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→45.6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1267 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.0289 |