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- PDB-6ju0: Mouse antibody 3.3 Fab in complex with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ju0
タイトルMouse antibody 3.3 Fab in complex with PEG
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab / influenza hemagglutinin / complex structure / specific binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-PE3 / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Wang, A.H.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of polyethylene glycol recognition by antibody.
著者: Lee, C.C. / Su, Y.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Yang, C.Y. / Chang, S.S. / Roffler, S.R. / Wang, A.H.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
J: Fab heavy chain
N: Fab light chain
K: Fab heavy chain
O: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,31116
ポリマ－187,9538
非ポリマー2,3598
水14,862825
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3914
ポリマ－46,9882
非ポリマー4022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
2
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7874
ポリマ－46,9882
非ポリマー7992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
3
J: Fab heavy chain
N: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1523
ポリマ－46,9882
非ポリマー1641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
4
K: Fab heavy chain
O: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9815
ポリマ－46,9882
非ポリマー9933
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.299, 177.347, 89.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 HIJKLMNO

#1: 抗体
Fab heavy chain


分子量: 23691.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (ウイルス)
#2: 抗体
Fab light chain


分子量: 23296.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (ウイルス)

-
非ポリマー , 5種, 833分子

#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL


分子量: 164.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, 2-propanol, PEG 2000 MME, Ni-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 64434 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6420 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.361 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W9D

3w9d


解像度: 2.601→24.503 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 1975 3.1 %
Rwork0.2108 --
obs0.2117 63647 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→24.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13044 0 141 826 14011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68618401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.138094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6006-2.66550.34991070.29953616X-RAY DIFFRACTION79
2.6655-2.73750.33471480.29264289X-RAY DIFFRACTION95
2.7375-2.8180.34311400.28674438X-RAY DIFFRACTION98
2.818-2.90880.28621450.27224503X-RAY DIFFRACTION99
2.9088-3.01260.29411480.2714504X-RAY DIFFRACTION99
3.0126-3.1330.31651370.26324497X-RAY DIFFRACTION99
3.133-3.27520.25981490.24224511X-RAY DIFFRACTION99
3.2752-3.44750.25621370.22794521X-RAY DIFFRACTION99
3.4475-3.66280.23591450.20974491X-RAY DIFFRACTION99
3.6628-3.94450.23431490.20014496X-RAY DIFFRACTION99
3.9445-4.33950.21681460.17454488X-RAY DIFFRACTION99
4.3395-4.96290.17951440.15654472X-RAY DIFFRACTION98
4.9629-6.23560.19591330.17464452X-RAY DIFFRACTION98
6.2356-24.50370.21651470.19144394X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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