PDB-5zpl: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpl

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 7 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpl.cif.gz	528.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpl.ent.gz	429.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zpl_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpl_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	5zpl_validation.xml.gz	53.6 KB	表示
CIF形式データ	5zpl_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zoz-1 1ui8-d 5zp5-2 5zpc-d 5zow-d 1wmp-d 2cwt-d 5zp4-1 2cg1-1 5zpp-2 3x42-d 5zpm-1 5zoz-2 5zoy-2 5zp2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.923, 64.472, 158.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1086- HOH
2	1	A-1201- HOH
3	1	B-1156- HOH
4	1	B-1177- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 229024 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.673 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 840104

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	3.4	0.821	11050	0.651	0.511	0.97	0.912	97.3
1.63-1.66	3.5	0.751	11423	0.687	0.466	0.887	0.928	99.5
1.66-1.69	3.6	0.663	11411	0.751	0.409	0.781	0.946	100
1.69-1.72	3.7	0.584	11416	0.794	0.356	0.686	0.971	100
1.72-1.76	3.7	0.515	11387	0.826	0.312	0.604	1.029	100
1.76-1.8	3.7	0.419	11453	0.878	0.254	0.491	1.047	100
1.8-1.85	3.7	0.355	11460	0.905	0.214	0.415	1.109	100
1.85-1.9	3.7	0.291	11421	0.936	0.176	0.341	1.199	100
1.9-1.95	3.7	0.234	11451	0.955	0.141	0.274	1.273	100
1.95-2.02	3.7	0.191	11434	0.968	0.115	0.223	1.391	99.9
2.02-2.09	3.7	0.167	11413	0.975	0.101	0.196	1.478	99.9
2.09-2.17	3.8	0.15	11451	0.977	0.091	0.176	1.58	100
2.17-2.27	3.7	0.131	11467	0.983	0.079	0.153	1.702	99.9
2.27-2.39	3.7	0.122	11448	0.984	0.073	0.142	1.896	99.9
2.39-2.54	3.7	0.118	11469	0.984	0.071	0.138	2.183	99.9
2.54-2.74	3.7	0.107	11477	0.986	0.066	0.126	2.506	99.8
2.74-3.01	3.6	0.091	11506	0.988	0.056	0.107	2.904	99.9
3.01-3.45	3.6	0.068	11521	0.993	0.042	0.079	3.06	99.8
3.45-4.34	3.6	0.045	11566	0.997	0.027	0.052	2.763	99.7
4.34-50	3.5	0.036	11800	0.998	0.022	0.042	2.511	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.6→39.695 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	11398	4.98 %
R_work	0.152	-	-
obs	0.153	228899	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.695 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9754	0	17	949	10720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	14204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.595	10496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1533
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5998-1.618	0.3037	371	0.3015	6937	X-RAY DIFFRACTION	95
1.618-1.637	0.2798	388	0.2818	7156	X-RAY DIFFRACTION	99
1.637-1.657	0.3147	337	0.2762	7220	X-RAY DIFFRACTION	99
1.657-1.678	0.2731	398	0.2531	7202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.7	0.2714	415	0.2398	7224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.7233	0.231	378	0.2337	7213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7233-1.748	0.2338	381	0.2177	7228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.748-1.7741	0.2299	378	0.2056	7210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7741-1.8018	0.2225	366	0.1965	7267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8018-1.8313	0.2278	410	0.1884	7196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8629	0.2076	381	0.181	7256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8629-1.8968	0.2077	353	0.1789	7297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8968-1.9332	0.1878	381	0.168	7219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9332-1.9727	0.1776	419	0.1516	7190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9727-2.0156	0.1708	380	0.1485	7284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0625	0.1717	386	0.1459	7212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0625-2.1141	0.1725	333	0.1454	7313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1141-2.1712	0.1782	386	0.1454	7253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1712-2.2351	0.1783	358	0.1464	7274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2351-2.3072	0.1769	362	0.1462	7299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.3897	0.1632	379	0.1464	7245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3897-2.4853	0.1678	374	0.1527	7317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4853-2.5984	0.1906	378	0.1543	7202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5984-2.7354	0.1722	392	0.157	7289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7354-2.9067	0.172	385	0.1548	7291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9067-3.1311	0.1716	376	0.1466	7284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1311-3.446	0.1458	411	0.1301	7283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.446-3.9443	0.115	378	0.1133	7326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9443-4.9679	0.1228	385	0.1059	7362	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9679-39.707	0.1632	379	0.1476	7452	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6318	0.0747	-0.9414	2.1253	0.472	0.6682	0.1323	-0.1407	0.0969	0.2746	-0.1922	0.1335	-0.2847	-0.2554	0.0442	0.2853	0.0443	0.0377	0.2884	-0.0752	0.1753	-16.169	42.81	36.524
2	1.5934	0.6764	-1.2694	3.94	0.6905	2.0212	0.0049	-0.1508	-0.0654	0.1956	-0.1117	0.4584	-0.2009	-0.538	-0.046	0.1777	0.006	0.0609	0.3164	-0.0838	0.1962	-19.54	34.178	35.154
3	0.8572	-0.039	0.0658	0.435	-0.1261	1.2575	-0.0044	-0.2996	0.0025	0.0888	-0.0576	-0.0544	-0.1381	0.29	0.077	0.1768	-0.0477	-0.0284	0.285	-0.0152	0.1672	13.976	33.791	31.418
4	0.2654	0.1209	0.0407	0.2347	-0.1049	1.3881	0.0276	-0.0532	0.0731	0.0381	-0.0314	0.0234	-0.3197	-0.1149	0.013	0.1846	0.027	0.0058	0.1413	-0.0188	0.1476	-8.275	41.979	15.419
5	0.4189	0.0258	0.1045	0.2845	0.0191	1.256	-0.0113	-0.0044	-0.022	-0.0047	-0.0072	-0.0059	-0.0705	-0.045	0.0139	0.1029	0.006	0.0001	0.102	0.0004	0.1273	-2.696	31.594	4.871
6	0.8899	-0.1434	0.27	1.2148	-0.0614	2.1347	-0.0269	0.0548	-0.0163	-0.0183	0.0224	0.0862	0.1204	-0.3525	-0.016	0.1047	-0.0429	-0.0048	0.1829	-0.0122	0.1274	-17.75	21.812	0.044
7	0.749	-0.0229	0.1654	0.2652	-0.0342	1.249	0.0037	-0.0826	-0.0171	0.0349	-0.0174	0.0299	0.0153	-0.1417	0.0118	0.1119	-0.006	0.001	0.1163	-0.0097	0.1249	-8.155	26.557	12.914
8	0.7209	0.0234	-0.5457	1.1803	-0.3962	2.0354	0.0272	0.1009	0.0163	-0.1692	0.0143	-0.0408	-0.1548	0.3251	-0.0393	0.2042	-0.0276	0.0371	0.2476	0.0326	0.1787	-17.899	10.948	35.133
9	1.7368	-0.3826	-1.3309	4.2078	-0.915	2.3891	-0.0691	0.0454	-0.1161	-0.1244	0.0365	-0.455	-0.0763	0.4467	-0.1022	0.1252	0.0253	0.0545	0.2186	0.0182	0.1602	-14.623	2.302	36.649
10	5.3765	-0.7235	1.2441	0.1846	-0.4207	1.0035	0.0405	0.4648	0.0681	-0.1405	-0.0141	0.0043	0.0438	-0.148	-0.0017	0.1842	0.0146	-0.0212	0.2827	-0.0037	0.1499	-47.616	0.362	31.327
11	0.9259	0.1442	0.1384	0.3335	0.223	1.1491	0.0053	0.1718	-0.0074	-0.0605	0.0141	0.0091	-0.1287	-0.0214	-0.0143	0.1657	0.0123	-0.0006	0.1088	0.0317	0.1394	-36.84	6.191	49.743
12	0.2834	-0.0663	-0.0641	0.2879	0.0013	0.9715	0.0132	0.0196	-0.0213	-0.0261	-0.0108	-0.0156	-0.0054	0.0796	-0.0037	0.1249	-0.0007	0.0014	0.1275	-0.0022	0.1537	-28.911	-1.734	60.497
13	2.1731	0.2574	0.776	0.2631	0.1541	1.1784	-0.0016	-0.0534	0.063	0.01	-0.0313	0.0042	-0.0932	0.0053	0.0636	0.1365	-0.0055	0.0008	0.1128	0.0217	0.1424	-31.349	2.925	66.663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:44 )	A	9 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 45:95 )	A	45 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 96:225 )	A	96 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 226:356 )	A	226 - 356
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 357:469 )	A	357 - 469
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 470:516 )	A	470 - 516
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 517:628 )	A	517 - 628
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 9:44 )	B	9 - 44
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 45:95 )	B	45 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 96:138 )	B	96 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 139:277 )	B	139 - 277
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 278:581 )	B	278 - 581
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 582:628 )	B	582 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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